前文說過，自從朱元璋抗元成功，元朝的末代皇帝元順帝妥歡帖睦爾既沒有戰死，也沒有自殺，而是率領著王族和所剩的軍隊撤退到了自己祖先曾經興起的故地——蒙古高原，雖然元朝滅亡了，但因為成吉思汗時代的瘋狂擴張，疆土幅員遼闊，蒙古帝國依然還在。
但是，在1388年，一支10萬人的明朝軍隊在大將藍玉的率領下在合勒卡河和克魯倫河之間、貝爾湖南岸大敗元順帝的孫子-當時的蒙古大汗脫古思帖木兒的軍隊，殘元諸王、平章以下官員三千多人及軍士七萬餘人被俘，脫木思帖木兒逃走後被其部將縊殺。
這次的失敗使黃金家族——忽必烈家族的殘元政權喪失了在蒙古人中至高無上的地位，以至於大多數蒙古部落宣布脫離它而自立。1399年，分布在葉尼塞河上遊沿岸的乞兒吉斯部首領貴力赤，否認了最後一任殘元皇帝額勒伯克的宗主權，於1399年將其打敗並殺死，取得了統治各部的霸權。至此，苟延殘喘了29年的殘元政權滅亡了，合法的蒙古帝國大汗不複存在了，蒙古各部又回到了爭奪蒙古帝國大汗寶座的紛爭當中。
在明朝的二百七十多年的曆史中，蒙古各部落一直進行著戰爭，各部落都想爭奪蒙古大汗的寶座。隻不過，到明朝末年的時候，蒙古帝國的疆土隻剩下蒙古草原那麽大的地方了，其餘各地都被當地反元勢力收回。
1604年，林丹繼承暫時統領蒙古各部的察哈爾部的汗位，當時的後金已經統一，而且顯示出了勃勃野心。林丹汗並不是一個昏庸無能的可汗，他早已看出後金帝國對於蒙古的野心，因此從繼位始，便開始重新統一各部，自稱“統領四十萬眾蒙古國巴圖魯青吉斯汗”。
但是，很可惜，林丹汗不是綜合了蒙古人的彪悍和漢人的謀略的後金皇帝努爾哈赤和皇太極，這就注定隻有勇猛而少計謀的他隻能失敗。在1628年的土默特的召城一戰中，皇太極消耗了林丹汗精銳兵力四萬餘人，這使得林丹汗的實力大為削弱，再也無力與後金抗衡。