崇禎五年五月，大明京師，紫禁城中乾清宮，一位年約二十出頭的年輕人身穿青色團龍服，伏在一張寬大的紫檀書案上，靜靜的批改著全國鎮撫督道和科道言官的奏疏，他就是朱由檢，大明第十六位皇帝，崇禎皇帝。
書案上奏疏已分書別類，重要的如軍情急報可直接遞上禦前，立即處理，而不必走通政使；閣臣、朝臣，督撫奏疏優先，科道言官奏疏次之，地方官轉呈的奏疏再次之。
崇禎眉頭緊皺，朝中為原登萊巡撫孫元化（字初生）生死已分成兩派，剛剛晉升為禮部尚書兼東閣大學士徐光啟等人力保孫元化，力陳孫元化守遼之功和以炮術報效朝廷之用之才，認為罪不至死，上疏請求從輕發落，首輔周延儒也讚成免除死罪。
而另一方科道言官則力劾孫元化和山東巡撫餘大成（字集生），禍亂地方，荼毒百姓，以禦史路振飛（字見白）、兵科給事中李夢辰（字元居）、禦史餘應桂（字孟玉）為首的科道言官大力彈劾孫元化為山東禍亂之首，造成大半山東靡爛，損失慘重，理應斬首，不殺不能彰顯國法。又劾首輔周延儒庇護孫元化之罪。
崇禎陷入沉思之中，按律公辦，孫元化失職失責，駕馭手下無能，用人失察不當，辜負了自己和朝廷對他的信任，按律當斬。
然國法無情人有情，他麵對閣臣和首輔的意見也考慮過，法有八議，議親、議故、議賢、議能、議功、議貴、議勤、議賓；但是孫元化其功之著不能抵其罪，其才不能減其罪。
崇禎又拿起孫元化處置孔有德叛亂的前後過程奏疏，又仔細看了幾遍，越看氣越大，“這個孫元化也是在遼東帶過兵、守過城的人，如此大意，為何不事先在孔有德叛亂後立即控製其故舊好友，反而信任其帶兵守登州城，致使與賊相通，暗中勾連獻城而至城破，使事態擴大惡化。”