乾隆五十二年（1787）。
乾隆帝鑒於常青延誤戰機，在六月二十日就決定由協辦大學士，陝甘總督福康安前往台灣，替代常青，督辦軍務。
七月二十七日，乾隆帝諭令海蘭察為參讚大臣，護軍統領舒亮，普爾普為領隊大臣，各帶侍衛，章京等二十名前往台灣，征討林爽文起義軍。
八月初二，乾隆帝又降旨，授福康安為將軍，調湖南，湖北，貴州等地，綠營兵各兩千名，以及四川士兵兩千名，增援台灣。
八月二十四日。
福康安上奏折寫道：“臣尊旨在途拆閱常青等奏折，知南北兩路官兵尚未得手，所稱兵力不足，似屬實在情形…
現雖有添調的浙澳官兵陸續配渡前往，但該兵丁等尚未出征，恐不能十分得力…
至於柴大紀，力捍孤城，坐困已及兩月，常青雖派蔡攀龍帶兵往援，而兵力不多，亦難即時進剿…
如於府城各營中，撥兵前往救援，而賊人狡計百出，見官兵全集諸羅，又恐乘虛滋攪府城。臣通盤籌劃，所有前奉喻旨征調的各省官兵八千名，懇請皇上嚴飭各督撫速撥赴閩，聽候調用。”
此刻，福康安已在漳泉等地，勒令本地官府，調出林爽文族譜，追查事情原因，等待官兵出發。
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到了九月初。
陸續有許多信件發往福州，轉由梅花所，到達東沙島，接而發往宜蘭。
此時大量的消息匯集在一起，局勢也非常明了。大清正在集結兵力，雖然諭旨增調為八千士兵，但實際來的隻有五千人。
不過其他省府雖缺兵，可派了一些錢糧，讓福康安在本地招兵買馬，未登台之前，就已招募到兩三千勇兵。
泉州漳州等地，水師戰船多達一百多艘，幾乎調用三省水師，幾乎以全國之力。
此時，福建等地也開始戒嚴，特別是漳州泉州兩地，大量的民工加緊修建船隻，大量的各種糧食運往此處，匯集在一起，任福康安調動。