李存明是個有了想法就要付諸實踐的人，自從起了改善南京城衛生狀況的念頭之後，他從四月到六月就一直著手打造皇宮自來水係統。
明朝南京城是由劉伯溫親自規劃的，曆時28年建成，是遵循禮製、呼應天象、順應自然的傑作。
在“中國即天下，天下即中國”傳統政治理念的影響下，依照《周禮》為原則，根據“三垣、二十八宿”的星象，結合南京虎踞龍盤、依山傍水的地理優勢，一改以往都城牆取方形或矩形的舊製而築，成為中國禮教製度、傳統堪輿天象和自然地理相結合的典範，獨樹一幟。
南京城牆以河流、湖泊、山川等地形為依托，遇山設山為屏障，遇水設水為天然護城河。如此一來，南京城地理環境優越，水資源豐富充沛，為建造自來水係統提供了極大的方便。
不僅如此，皇宮裏的排水係統在當時也是十分完善的。宮裏的下水道極其寬闊，傳說當年靖難之役時，朱棣打到南京城外，建文帝朱允炆就是從皇宮裏的下水道中逃出去的。
李存明不太關心建文帝這一樁曆史懸案，他視察了宮裏的幾處下水道後，笑道：“有如此完善的排水設施，宮裏不安裝抽水馬桶，簡直就是暴殄天物！”
李存明從係統商城裏購買了修建自來水係統的指導手冊，交由畢登輔去完成。畢登輔和朱慈炯經過數次實地考察，決定從玄武湖引水入宮。
根據指導手冊上的步驟，畢登輔先帶領工匠們建造多級高度的水池，用畜力水車引湖水入最高的水池。
初步沉澱後引入二級水池，通過底部一層層鋪滿的瓦礫、細沙、木炭等過濾，從池底濾出的水流入三級水池，投入明礬淨水，再引入四級水池後可以直接使用，當然要飲用還是要燒開為好。
每級水池都用磚頭、水泥、陶瓷做得漂漂亮亮的，並定期派人清洗。