早在寧陵的時候，李存明就理清楚了治國思路，一是錢，二是兵，三是權。
通過開荒種地、加征商稅、推廣土豆玉米的種植，錢糧問題有所緩解；再通過招募新兵，**平江北時收編俘虜，也有了二十萬精兵。
如今打壓東林黨，平息黨爭，架空內閣，便是解決權力問題。
建立起相當於軍機處的通政司體製後，李存明再接再厲，宣布成立四大院。
四大院分別是醫學院、科學院、軍事院和監察院，前三個機構在徐州時已經初具雛形，分別由傅山、湯若望、畢氏叔侄負責，到了南京後開府建衙便能立即運轉。
而監察院，則是李存明與閆爾梅深思熟慮後決定創建的機構。監察院最大的職責，便是監察官員，權限很大，相當於反貪部門和紀檢部門的綜合體。
至於錦衣衛，主要職責變更為刺探敵國情報、抓捕欽犯、護衛皇上；東廠主要負責刺探國內消息，重點關注首都及其周邊地區；西廠則重在負責商務事宜，也包括開礦、經營皇莊或是國營工廠。
這些機構統稱為“一衛二廠四大院”，統統隸屬於皇帝本人，主要負責人也都是皇帝的親信大臣，且都互相獨立，尤其是一衛二廠和監察院之間，還能互相製衡。
一番操作下來，李存明真正做到了乾綱獨斷，牢牢掌控了朝廷權力。
這一天寅時末，李存明來到通政司。通政司沒有專門的官職，入值的官員們統稱為通政大臣，負責文書、檔案等低一級官員，統稱為通政司員。
清朝的軍機大臣與皇帝議事時，從頭至尾都必須跪在地上。李存明畢竟是現代人穿越而來，他需要臣子們忠誠能幹，但並不需要人人都變成奴才，所以特意給通政大臣們準備了座椅。
而且這些人都是江北老臣，與皇上關係融洽，故而每一天的通政會議氣氛輕鬆和諧，大家暢所欲言，盡情發表意見看法，不過最終的決策權始終在皇上手裏。