營往上是千總，兩營為一千總，千總部配一個五門火炮的火炮排（二十八人）。加上一個千總部（夥夫什，鑼鼓什，戰場救護什，千總部警衛排，正副千總，千總部讚化參謀、鎮撫官、後勤官，五位主官各配侍衛二人。），合計一千人。千總月餉十貫，其他四位主官月餉九貫。千總為基本作戰單位，進攻時排成四段擊隊列。防守時一排負責射擊，其他三排負責裝填。
千總往上是協，兩個千總為一個協，協配一個十五門火炮的炮隊，一個騎兵斥候隊，一個協警衛隊，一個戰場執法隊（直屬鎮撫官管轄），再加上一個協本部（夥夫什、旗手什、鑼鼓什、正副遊擊將軍、協本部讚化參謀、鎮撫官、後勤官、五位主官各配一個什警衛。），合計兩千五百人左右。遊擊將軍領月餉二十貫，副職四人月餉十八貫。
協為大明今後常備軍力量，分駐大明各地。再往上的分守參將、副將、總兵等職位，因地方的重要性而分配軍事力量。
大明五軍都督府也將做出新的調整，改五軍都督府為四總部。皇帝為天下兵馬大元帥，下設四總部，分別為總讚畫參謀部、總鎮撫部、總裝備采購部、總後勤部。在四總部之外增設海軍部與陸軍部。
陸軍部主要負責陸軍軍隊隊的訓練與考核，根據各個部隊的成績對相應軍官進行升職降職評定，陸軍部提督英國公張輔，保國公朱勇副之。
海軍部的職責與陸軍部一樣，隻不過是主管海上訓練，海軍部提督鄭和，王景弘副之。
總讚畫參謀部的職責是行軍地圖的繪製，作戰計劃的製定，為軍事主官提供作戰方案以供軍事主官選擇，同時負責讚畫參謀的訓練與培養，讚畫參謀部提督保定侯孟瑛，武安侯鄭亨副之。
總鎮撫部的職責是掌管各個軍隊的軍紀軍法，成立軍事審判司，專門負責對違反軍紀軍法的軍人進行審判。總鎮撫部提督陽武侯薛祿，成山侯王通副之。