李斯知道這一情況後，才恍悟自己中了趙高的圈套。
他上書給二世，一麵申訴自己的冤屈，一麵指出趙高“有邪佚之誌，危反之行”，提醒二世當心。
然而此時的胡亥，早就被趙高完全迷惑，他將李斯的申訴書交給趙高過目，囑其小心。這樣的君主，也真夠可以的了。
趙高佯作悲傷，淒淒慘慘地說：“丞相父子謀逆之心已久，所擔心的無非是臣一人。臣死不足惜，隻是放心不下陛下的安危。”
二世安慰趙高道：“愛卿不必掛心，有朕在，誰敢動你。”自此趙高更加肆無忌憚。
過了不久，李斯邀同將軍馮劫和右丞相馮去疾聯名上奏二世，建議暫停阿房宮的工程，減少邊區戍守和轉輸，以緩解民憤。
二世對李斯本就有怒氣，借此事一觸即發，咆哮道：
“這些都是先帝開創的功業，必須繼續做下去。如今我才即位兩年，就蜂盜並起，完全是因為你們這些人鎮壓不力所致，反倒想罷先帝之所為。你們身為兩朝重臣，上無以報先帝，次不為朕盡忠，還有何資格占著丞相、將軍的位子。”
說罷，下令將他們交付廷尉審辦。
馮去疾、馮劫不堪其辱，很快就在獄中含恨自殺。
胡亥派趙高審訊李斯父子謀反的案件，趙高天天嚴刑逼供，直打得李斯皮開肉綻，血肉模糊。
李斯實在受不住嚴刑拷打，隻得招了假供。
他之所以不自殺，是因為自思有雄辯之才，又是秦帝國的有功之臣；而且，自己也的確沒有謀反，說不定通過上書二世就會赦免他。
可李斯不知道的是，進諫之路已完全為趙高**把持，申訴書全落入了趙高手中。
趙高將書撕個粉碎，怒道：“囚犯還有資格上書？”
為了堵住李斯的嘴，趙高派自己的親信扮成禦史，以及皇帝身邊謁者、侍中等，輪番提審。