為了控製這瘟疫的傳染範圍，楊雲讓縣衙在吳縣縣城中發布告示。建議吳縣百姓，暫停大型嫁娶婚姻、壽宴，不舉行大型集會，不到人多的地方去，等一係列措施。
有了楊雲的一係列策略，瘟疫的傳播速度慢慢降了下來，新增的得病病人，慢慢減少了。
但是，現在擺在楊雲麵前最大的困難是如何治療這些已經患病的病人，楊雲用心開出的藥方。在縣衙讓縣兵們熬成中藥，給這些患病的病百姓服用後，許多人的病情得到明顯的好轉。
有一些症狀比較輕的老百姓，甚至已經慢慢康複了。但是，對於一些重症病人而言，這藥的效果，還不夠明顯。這幾日，來又有好些人，沒有人熬得住，被病魔帶去了生命。
這些死去的病人，雖然大多數是一些，抵抗能力較弱的老人，但是這也給楊雲很大的挫敗感。
目前這種情況下，楊雲隻的硬著頭皮，繼續進行研究。在和縣城中一些經驗豐富的大夫討論之後，楊雲調整了一些藥材，並且加大了用藥的劑量，這樣一來，效果明顯好多了。
又有一批病情較為輕微的病人被治愈，還有一些，十分嚴重的病人病情也在慢慢好轉。看到這一現象，楊雲和一起忙碌的這些大夫們，終於露出了笑臉。
但是新的麻煩又接踵而至，吳縣雖然處於大山之中，各類藥材的儲備非常豐富。但是麵對著數千人大麵積的，染上了瘟疫，藥材仍然開始吃緊了。
由於藥材供應不足，醫館的大夫們隻得減少了，病人的用藥劑量。這樣一來，藥效又差了起來，一些病情已經慢慢好轉的百姓，他們的症狀又出現了反複。
楊雲找來了鍾文睿，劉遠以及姚俠等人，和他們商量如何尋找藥材這一棘手問題，最後大家集思廣益，有了這樣幾個思路：
第一，充分發揮吳縣百姓的積極性，讓他們把自己家裏存著的草藥都拿出來。