大明朝實行的省、府、州、縣製，登州歸屬山東承宣布政使司，洪武九年登州由歸屬萊州府之下的州升登州府，治蓬萊，轄寧海州、蓬萊縣、黃縣、福山縣、棲霞縣、招遠縣、萊陽縣和文登縣，自此形成東登西萊的局麵。
天啟元年設登萊巡撫於此，登萊巡撫袁可立曾在此操練水師，登萊成為關防重鎮。
登州升州為府的原因：時以登、萊二州皆瀕大海，為高麗、日本往來要道，非建府治，增兵衛，不足以鎮之。”
山東半島三麵環海，擁有長達約二千五百公裏的漫長海岸線。漫長的海岸線及其東突入海的地理環境使得山東的海防極為困難，極易成為倭寇襲擊的對象。在本明山東六府中，登州、萊州、濟南和青州四府轄有臨海區域。
山東自兗州、東昌而外，其當大海一麵之險者，濟南東北境也；當兩麵之險者，青州府北及府東南境也；當三麵之險者，登、萊二府之東、南、北皆以海為境也，所以特別容易受到來自海上的攻擊，倭患特別的嚴重。
元末明初壹岐島、對馬島又是倭寇盤踞的巢穴，對於倭寇而言，從日本出發，輕易就能渡海到朝鮮半島，然後再渡海到山東等地登陸，轉掠大明沿海，此條路線在當時航海條件下無疑是安全度最高、成本最低的選擇，故山東成了首當其衝之地。
至明初情況更為嚴重，倭寇借明初江山動**不穩，從太祖朱元璋二年開始就頻繁劫掠山東，浙江沿海，倭人之患愈烈。
海防已經成為關係大明之初政權穩固的大問題，太祖皇帝朱元璋在此建立十一衛、六所。
但山東都司要管的地方很多（還管著遼東，整個東北地區），都指揮使司工作繁多，己造成無暇顧及海防之態，於是成祖於永樂六年在登州水城增設了備倭都司，以統領山東沿海衛所諸軍，抗擊倭寇，山東海防也因此逐步完善，最高指揮官為登州總兵。