對於這兩個學生癡迷化學的態度，朱聿鍵是相當支持的。為了讓他們真正熱愛化學，今後向這條道路發展，朱聿鍵甚至決定帶著他們進行化學實驗。
為了不暴露朱聿鍵唐王長孫的身份，兩人每次都是被蒙著眼睛進入私牢的實驗室。就算是這樣暴露的可能性依然很高，也很容易被府中下人察覺，所以朱聿鍵讓張書堂找幾個匠人，開始謀劃從講學的那個宅院挖掘一條直通牢房的地道。
朱聿鍵將學生帶入私牢的做法的確很冒險，但事實證明這樣的冒險非常值得。朱聿鍵將自己知道的那些最多隻到高中的化學知識傾囊相授，並盡最大努力讓他們參與到化學實驗中，兩人也非常機靈，很快就將燒杯、燒瓶、天平、滴定管等器械用得有模有樣了。
沒有各種化學試劑，進行化學實驗非常困難，朱聿鍵就想辦法自己製取化學試劑。硫酸和燒堿是最重要的化學試劑，可是在明末卻沒有地方去購買，為此朱聿鍵設計了一個密閉火爐，通過封閉焚燒黃鐵礦石，將其中所含的硫變成二氧化硫，再用水吸收就得到了硫酸。
至於燒堿的製取也不算困難，將外麵可以買到的土堿進行過濾精煉，然後將溶液與熟石灰混合。等到反應完成之後，過濾掉其中的殘渣，就得到了燒堿溶液。
有了這種兩種最至關重要的化學試劑，朱聿鍵得以慢慢製取其他所需的化學藥劑，他的化學實驗室越來越名副其實了。因為化學實驗室的味道實在太濃烈，阿四害怕被發現，苦口婆心的勸了朱聿鍵幾次，最終讓他同意將實驗室搬到了講學的宅院中。
朱聿鍵在私牢裏做實驗，就是因為讓田見秀每天待在牢裏代替他，實在有些過意不去。後來田見秀告訴他，自己在私牢裏並不會氣悶，反而有時間練武打發時間，朱聿鍵這才放下心來，不過對於這個性情溫和事事為他人著想的手下，他是越發滿意了。