八月初，首都南京的公務人員送家眷返回原籍，引起了社會秩序的嚴重混亂，各交通站點被離京的人員擠得水泄不通。更要命的是，這種坊間的傳聞愈演愈烈，很快被更多的南京市民感知，城市的恐慌情緒愈發濃厚。這些變化，甚至連蔣介石委員長都接到了相關的報告，也明顯感覺到了民心不定所帶來的問題，他在一份報告中看到，“最近要公務人員送眷屬回籍，社會上的秩序已亂起來了，交通站上都是擠得水泄不通。……這種態度與戰時戰事上，是無利而有害的。”對此，蔣委員長專門作出了批示，國民政府、南京政府和軍方開始應對由此引發的恐慌與混亂。
為防止民心不安，國民政府采取了一些應對措施，如針對憲兵及警察機關屢次接到有關散布流言、擾亂安寧的報告，政府當局發布命令嚴加追查，並發表談話要求市民采取平靜態度，勿輕信謠言。為維持車站和碼頭秩序，首都新運會於八月九日“要求憲兵和警察等17個機關代表集會，決議向車站和碼頭增派巡警和憲兵，由鐵道、交通兩部及警士訓練所派出勞動服務隊，全國新運會和首都新運會也派出人員”，多方共同協助維持。南京地方當局一係列行動與措施，緩解了南京市民的緊張與恐慌，南京市民的逃離多少有所緩和。
南京防空方麵，國民政府早在戰前即做了周密準備，如製訂了《擴充首都防空警報配置辦法》，頒布了《防空法》。根據法律法規規定，要員住宅、旅館等都建設了防空地下室，即使是一般市民，條件稍好的都會建一個簡易的防空洞。政府機關和民房幾乎全部塗上了黑色或灰色。
八月十六日，蔣介石委員長電令南京市長馬超俊，“南京市各馬路及要口附近相隔二三裏之距離各點，必須多設平民與行人避難所，其計劃、地點、構造法，皆希呈報;並於此十日內，壯丁全體動員構築避難所”為要。南京的防空設施也隨之越建越多起來。