鄭深出身於鄭縣豪門，精通易經、魯詩，曾在哀帝時舉孝廉入朝為官，王莽篡漢後便回鄉隱居，專心治學，教習弟子。
鄭深平時為人低調，不甚出頭，族中鄰裏有什麽難辦之事，卻都向他來問計，此時他也不推托，往往欣然答應，而一旦鄭深出手，事情都能妥善解決，眾人無不心服口服。鄭縣人都歎曰：“鄭氏之子可宰天下，惜生不逢時，時乎？運乎？”
更始興起，百姓皆以為天下有主，儒生齊向長安匯集，試圖借機入仕，在新朝廷中找到一席之地。鄭深的弟子們勸他出山，他隻淡淡地說道：“更始雖為漢室之裔，其重臣多為盜賊，雖僥幸上位，隻知劫掠，不能治國，其勢不能長久。吾等文人必不為其所喜，何必去遭人厭棄？即便僥幸見用，為其臣子，食其俸祿，待其敗落之時，守之不智，棄之無義，豈不兩難？”
他不為所動，閉門謝客，埋頭在家治學。反倒是他的弟子們，許多人都奔去長安尋找機會。
等到儒生們不被朝中新貴所喜，紛紛铩羽而歸，灰心喪氣之餘，不免想起鄭深當時的話來，若早聽了他的，何必去碰這一鼻子灰？
儒生欽佩他的見識，更願與他親近往來。鄭深卻常常回絕，門戶關得更緊，平日也少與人交際，隻埋頭在家讀書，幾乎是足不出戶。
赤眉軍西來，兵鋒直指關中，眾人不知所歸，有弟子來問計，鄭深歎道：“更始不久矣！關中不免矣！傳言青州軍暴虐更勝綠林軍，如此則百姓苦矣！此地已非久留之地，若欲避亂，恐隻有去往河西、隴右之地，或可保全。”
弟子勸他一道出走，鄭深道：“吾老矣，不忍遠離故土，寄食他鄉，亦不願受道路顛沛之苦，汝等且去，不必以吾為念，賊兵至，吾有自全之法。”
鄭深命長子鄭清帶著家眷出走河西，自己卻不肯離鄉，他的幼子鄭白不願父親獨居險地，執意要留下來陪伴，更有一些弟子願隨老師留下。