淡軍的推進速度相當快，造成的後果就是兵敗如山倒，潰退的柔佛守軍來不及組織抵抗，家室在巴魯的，就跑回家去了，而家不在巴魯的，都沿著巴魯往都城的大道跑了。
這次擔任主攻的仍然是第一營，把柔佛守軍趕出去之後，淡軍分出一個排占領炮台製高點，剩下的部隊分別占領碼頭倉庫和港口防禦要點，留出一個連做預備隊，采取防守陣型，保證後續的主力部隊登陸。
槍炮聲慢慢平息，來不及逃跑的巴魯貴人和官吏都躲在家中，戰戰兢兢的過了一天。
第二天，巴魯港迎來了浩浩****的第二梯隊，大量的船隻裝載第二營和部分輜重進入碼頭，鄭芝豹親自前來做善後工作。
首先鄭芝豹讓人去邀請躲藏起來的巴魯各級官吏，向他們表示淡馬錫方麵無意占領巴魯，隻是為了解救素丹政權，打擊以阿布都惹王子為首的叛亂分子，等枚平叛亂，就會把權力移交給正統的素丹國主雲雲，讓各級官吏放心，並保證他們的利益和財產能夠得到保護，唯一的要求就是他們要出麵譴責阿布都惹集團叛亂分子。
鄭芝豹的善後工作做得非常到位，短短兩天，巴魯的秩序就恢複正常了。
後續的部隊和物資源源不斷的來到巴魯港，淡馬錫的內河船隻也開始進入特布拉河巡邏，新登陸的第二營則沿著往都城的大道前出，小股的偵察部隊四散開來偵察敵情。
巴魯港失守的消息隨著敗兵返回都城，已經傳得紛紛揚揚，整個都城陷入混亂之中，柔佛王宮中的阿布都惹王子也被突如其來的噩耗搞得進退失據。
通過對逃回來的禁衛軍官兵的訊問，阿布都惹現在還以為是炮台的原守備官兵不滿禁衛軍接管，從而發動叛亂，勾結淡馬錫軍隊偷襲巴魯港，造成巴魯港的失守，不過巴魯港實在太重要了，一則，都城需要的大部分物資都是從全國各地通過柔佛海峽運到巴魯港，然後再利用特布拉河轉運到王都。