天命二年，朱訓樘下達旨意。
六部外設置六科給事中，簡稱六科，掌侍從，規諫，補闕，拾遺，分查吏，戶，禮，工，邢，兵六部之事，糾其弊端。
六科各設給事中一名，秩五品，由軍機大臣擔任。
軍機大臣由皇帝親自任命，所以可以說六科是皇帝欽點。
由於初設，並不過多參與朝政，隻有審議的權利。
而後，朱訓樘再次削弱兵部職權。
其中，參與糧草販賣事件，與懷安候勾結的人，朝廷並沒有徹查，但全部都被調離或平調，兵部隻剩下了一個空殼子。
隻有簽約公文的職能！
軍隊的獨立性再次加強，文官幹涉軍隊的力量大幅度削弱。
朱訓樘的掌控力也隨之上升。
除此之外，一條消息更加引人注意。
朝廷宣布，衛所，司的將領升職的渠道隻有兩種，一是立下功勞，二，接受過大明皇家學校教育。
朱訓樘開始有意識地啟用新的將領，新的利益集團來代替腐朽，落後的功勳集團。
緊接著，有目的地劃開軍隊。
三十年來，大明軍隊具有兩項職能，一是當兵打仗，二是維護治安。
這麽多年的快速發展，這套製度已經不再適合大明發展的需要。
各地軍紀散漫，軍隊插手地方事務，導致地方軍權掌握著成為了實際的地區首腦，嚴重破壞了大明的團結穩定。
一些大的功勳家族借助其手中的軍隊，不斷發展壯大，已經嚴重危害了到了大明的根基。
中央與地方的分裂趨勢漸顯。
而且此次入關戰爭前夕，大批各地原禁軍隨軍出征，各地的治安能力衣襟見肘。
懷安候事件拉開了大明軍政分離改革的序幕。
而這件事情受到了文官勢力的大力支持。
經過將近一個月的論證，唇槍舌戰，朝廷終於通過了軍政分離文書。