在京文官衙門，大致可分為六部、六科、六司、五寺、三院、三監、二府和原先的中書省殘餘。
其中六部六科都不必細說，但這六司，則從單獨某個衙門到隸屬某個衙門，官員品級從正三品到正九品不等。通政使司最顯赫，通政使貴為九卿之一，尚寶司這個單獨部門則管著文官公章，行人司則專幫皇帝跑腿，僧錄司和道錄司則管天下僧道，專管樂戶的教坊司則隸屬禮部但又相對獨立。
至於五寺，大理寺貴為三法司之一，大理寺卿也是九卿之一。太常寺則隻管禮樂，太仆寺專管馬政，鴻臚寺和光祿寺前文已有介紹。
三院則是都察院、翰林院、太醫院，三監是國子監、欽天監、上林苑監，二府則是宗人府、詹事府。
中書省殘餘，則要麽淪為小透明的中書舍人，要麽貴為如今的內閣。
長久以來，大明中央衙署的設置有三點是最不容忽視的。
其一，為天子的法統和享受服務的大量部門及官吏。其中祭祀、觀天、禮儀有關的事與天子“受命於天”的無上權威法統有關，而上林苑監這種菜園子、太醫院這種禦醫機構、光祿寺這種廚子部門、禮部工部底下的一些部門，都算是為天子的物質和精神享受服務。
其二，舉國的實務在方向上和審核上的大事都要在中央處理，但具體經手實務的主官品級都太低，實際最高不過正五品，在京城裏連紅官袍都穿不上，他們能有多少話語權？
其三，出於皇帝對權力的控製要求，重要的事務決策原則上全部都要經過皇帝。不堪重負的曆代皇帝由此一步步放任司禮監和內閣的崛起，但那也隻是偷個懶，實際上權力還是高度集中。
朱厚熜也很清楚，這套架構的存在，在很大意義上必定是符合當前需要的“最優選擇”。
下定這個決心以前，他思考了很久這樣會不會又是急了一點。