餘瑞祥率領最後一批民軍和老百姓撤出漢陽，來到武昌以後，立即參加了軍政府主持召開的軍事會議，商討武昌戰守大計。
漢口和漢陽相繼失守，清軍不僅可以利用布設在礄口一線的炮兵陣地對武昌實施遠程打擊，而且可以在龜山架設大炮，直接炮擊武昌城，並隨時都可以渡江攻擊武昌。武昌城一片人心惶惶，情勢萬分危急。身為戰時總司令，黃興理應與湖北革命黨人一道穩定軍心民心，動員一切可以動員的力量阻擋清軍攻擊武昌；然而，黃興竟然做出了相反的決定。
陽夏戰爭正酣之際，江浙方麵的革命黨人亦相繼發動起事，組建了軍政府，並且通過協商，準備聯合起來，組成東南聯軍，一塊攻打南京。為此，各已經起事的省份都派出了援軍，去支援攻打南京的戰鬥。這時候，就需要推舉一名深孚眾望的人物擔任聯軍總司令。革命黨人經過商議，認為聯軍總司令非黃興莫屬，派出代表，前來漢陽，秘密會見黃興，邀請他出任東南聯軍總司令。黃興已經在漢陽打了敗仗，深感民軍難以抵擋清軍的攻擊，便想去南京另外建一份功業，力主放棄武昌，率領民軍順江而下，一塊攻打南京，拿下南京以後，等待時機成熟了，再率領軍隊打回武昌。
武昌乃是首義之區，對全國各地革命黨人的影響力無可代替，一旦武昌有失，全國的革命形勢就會陷入一團糟。餘瑞祥深知這一點，說道："民軍如果真要從武昌順江東下，去攻打南京，**途遙遠，千裏之行，糧草供應一定非常困難。況且，在我們到達南京之前，南京就被聯軍打下來了，此行還有什麽意義？眼下，雖說漢口和漢陽都落入敵手，卻畢竟整個長江水麵都在革命黨人的控製之中，清軍要想渡過長江，除了需要首先掃除我水麵部隊對其造成的威脅之外，還要花費很長時間收集很多渡江或者架設浮橋的器材。我們正好可以利用這段時間，沿長江一線部署防禦陣地，擴大民軍隊伍，加強訓練，最後，定能擋住敵人渡過長江攻擊武昌的企圖。"