一開始，鄧小平對這次學生遊行沒有發表任何講話。三個星期以後，12月30日，鄧小平才作出了明確的指示，他不讚成學生遊行。在一次中央領導人參加的會議上，他提出，要嚴格執行關於遊行示威的新規定，並主張將方勵之、劉賓雁和王若望開除出黨（“他們狂妄到極點，想改變共產黨，他們有什麽資格當共產黨員？”）。鄧小平再次對資產階級自由化提出了批判。他說：
反對資產階級自由化至少還要搞二十年。民主隻能逐步地發展，不能搬用西方的那一套，要搬那一套，非亂不可。我們的社會主義建設，必須在安定團結的條件下有領導、有秩序地進行。我特別強調有理想、有紀律，就是這個道理。如果搞資產階級自由化，就是再來一次折騰。搞資產階級自由化，否定黨的領導，十億人民沒有凝聚的中心，黨也就喪失了戰鬥力，那樣的黨連個群眾團體也不如了，怎麽領導人民搞建設？
由於學生們被禁止在公開場所抗議示威，所以不管遊行隊伍走到哪兒，都會被警察包圍。隻要他們一發表演講，就會被武警以卡車或汽車送回校園。1987年1月初，學生們放棄了他們煽動性的活動，沒有達到任何目的。到頭來他們的一些頭頭被逮捕審問或處罰。凡是上街參與遊行的學生都留下了心靈的痛苦。而且這樣的學生人數，遠比鄧小平所分析的要多得多。方勵之、劉賓雁和王若望按正常方式被開除了黨籍。方勵之離開了合肥，調到北京天文台一個技術部門工作。
在政治上，學生運動所造成的最大影響，是胡耀邦被迫下台。鄧小平和其他老一輩領導人批評胡對這次事件沒有采取得力措施，胡耀邦因此被迫在1月中旬的政治局擴大會議上提出自我批評，並自動辭去總書記一職。他在會上的談話全文並未對外公布，但根據另一份文件的記載，他在會上承認犯了一連串的錯誤。他被允許暫時保留政治局常委的身份。但他卻在會後不再公開露麵，也中斷和外國友人的聯絡。根據1989年的一項傳言，他搬出中南海的辦公住地，住到外麵的一棟四合院建築裏，大部分時間都在研究清史。趙紫陽獲選代理總書記，這可能是鄧小平提議的，也可能是鄧的支持。