阿爾菲莫夫麵臨的主要問題是，俄羅斯立法機構不斷違背其承諾的科學基金。例如，1996年，俄羅斯科學基金會收到了1.5萬份撥款申請，其中3000份被專家小組認定為值得資助。俄羅斯國家杜馬承諾提供近1萬億盧布（2億美元）的資金資助，但到1996年12月，俄羅斯聯邦緊急財政基金隻收到1.7億盧布（34萬美元）的撥款。
到1998年，俄羅斯在科學研究方麵的支出已從1991年的116億美元下降到15億美元，這使得科學大臣邁克爾·基爾皮尼科夫說：“當今的情況對俄羅斯科學來說是最糟糕的161，而且，正如預測的那樣，科學研究的資金仍在進一步減少，1999年下降到僅5億美元。項目的平均研究經費僅為5000美元。”162
許多外部組織，包括喬治·索羅斯的開放學會，霍華德·休斯醫學研究所，美國國立衛生研究院和歐盟，都將大量資金投入該地區的科技企業中，挑選出最有前途的研究人員並提供合理規模的贈款。但是，科學家們仍然不得不在自己國家的政治經濟框架內進行科學研究，這通常被證明是行不通的。
1996年，俄羅斯科學部部長鮑裏斯·薩爾季科夫說，該地區科學事業的所有缺陷的核心在於一個關鍵點：直到1991年，蘇聯所有科學研究的75%以上—所有學科領域—都是由蘇聯軍隊控製的。163軍事把科學與世界其他地方隔離開來，獎勵那些具有潛在戰略應用價值的企業，並建立了一個龐大的科學官僚機構，在這個機構中，薩爾季科夫說，“服從和容忍領導的觀點比創作作品的自由更有價值。”
軍隊的主導地位，也解釋了為什麽蘇聯領導人很少資助在大學裏進行的研究，而大學是西方社會關注的科學進步的關鍵組成部分。
考慮到某些科學研究的質量，這可能並不完全是壞事。例如，在蘇聯解體後的烏克蘭，負責所有精神病學和心理學研究的丘普裏科夫博士發表了大量研究成果，聲稱有色眼鏡、大腦激光手術和胰島素誘發的昏迷都可以治愈精神分裂症。一個由荷蘭和加拿大精神病學家組成的獨立小組判定這項工作“令人想起克格勃精神病學巡回法庭”和“直接侵犯人權”，更不用說偽科學了。164