朱熹為人正直，為官清廉，又是儒學的集大成者，因而在當時極負盛名。紹熙四年（1193 年）冬天，朝中有使者出使金國，金人對朱熹辭官的事情也有所耳聞，便問起了他的近況。使者怕給朝廷留下一個棄賢不用的壞名聲，便隨即說朱熹已經被任用的謊話。使者返宋後，把事情的來龍去脈稟報了朝廷。
紹熙五年（1194 年），丞相留正推薦朱熹為知潭州、荊湖南路安撫使（統製軍旅，總兵民之政）。
朱熹接到朝廷任命的消息後，回想起朝廷對漳州經界一事不作為的態度，十分憤怒，便以自己才能短淺為由推辭不受，遞上辭呈。
但是，朝廷並沒有同意朱熹的請求，總是不斷地催促他立即赴任長沙。他實在是不想再出仕，反複力辭。拖到第二年二月，他再次上狀辭免後，皇上不耐煩了，下了一道詔令，命他赴任。
當時，恰逢溪洞（古代指今部分苗族、侗族、壯族及其聚居地區）徭人（宋代至1949 年前曆史文獻對瑤族人的稱謂）在辰州、邵州、武岡一帶起義，事勢緊迫，震動朝廷，急需鎮撫。朱熹擔心事情蔓延開來，不可收拾，於是便在紹熙四五年（1194 年）四月間拜命起行，馬不停蹄地向湘中進發。
五月五日，朱熹終於到達潭州。剛上任，他就將工作的重心放到徭人事宜上。
在朱熹到來之前，當地已經開始進兵攻討，徭人的氣勢漸漸衰落下來。當時的軍校田升認為，目前正是招降的有利時機，不必再行進剿。
經過認真分析形勢，朱熹采納了田升的建議。在田升的帶領下，數十人來到徭人軍中進行勸降。徭人此時處於兵敗的困窘，他們的頭領軟弱無能，看到田升許以寬恩，隨即便帶著妻兒接受了納降。就這樣，朱熹上任不久就將徭人的動亂平定了。
朱熹向來十分重視教育，可是，自張栻去世以後潭州的嶽麓書院就漸漸荒廢了，生員十分稀少。看到這種情況，朱熹十分痛心，決定重新恢複嶽麓書院往日的風采。