處於黨禍之中
樹欲靜而風不止。就在朱熹被驅逐之後，想要潛心學術的時候，一場黨禁的烏雲已經向他緩緩飄來。這場慘烈的黨禁之禍，要從趙汝愚的被貶受害致死說起。
趙汝愚當初不聽朱熹的勸誡，錯誤地估計了韓侂胄的實力，以至於沒能及時控製住這個小人。如今，得寵的韓侂胄反過來對他卻毫不手軟。
就在朱熹離開京師後的兩個月，韓侂胄順利地驅逐了相魁趙汝愚。起居郎、權直學士院鄭湜，也因為幫助趙汝愚而遭到罷免。緊接著，兵部侍郎章穎、工部侍郎知臨安府徐誼、國子祭酒李祥、國子博士楊簡，都接連因為替趙汝愚說情而慘遭罷官。之後，侂胄黨羽不斷地彈劾趙汝愚，致使他被罷知福州之職。
宋寧宗慶元元年（1195 年）四月二日，太府寺丞呂祖儉向朝廷上書，極力挽留趙汝愚，並為彭龜年、朱熹說情。不料，兩天之後詔命呂祖儉改任吉州。
五日，有太學生六人上書，為趙汝愚辯白。結果第二天，朝中不分青紅皂白地將六人逮捕、監押。情急之下，中書舍人鄧馹秉承公正的態度，上書替這六人求情，隨之便被罷知泉州。
這一連串的風波，嚴重打擊了朱熹。他精神鬱悶，身體每況愈下，病情越來越嚴重了。
朱熹回到建陽之後，曾經多次向朝廷上狀，堅決辭免煥章閣待製職名。為了達到這個目的，他自劾妄議宋孝宗墓穴之罪，堅決要求削去待製職名。最後朝廷將他的職名改回知漳州時所除秘閣修撰。
宋寧宗改元“慶元”的第一個年頭，在鏟除趙黨的喧囂中過去了。其實，從黨事開始之時，韓侂胄之黨主要針對的就是朱熹，但是自始至終他們都沒有人敢直接指出來。然而，他們對黨人的迫害，卻仍在緊鑼密鼓地進行著。
不久，監察禦史沈繼祖以捕風捉影、移花接木、顛倒捏造手法羅列了朱熹的六大罪狀：