1939 年，第二次世界大戰爆發，林德伯格夫婦回到了 美國。1941 年 12 月，日本偷襲珍珠港爆發太平洋戰爭時， 林德伯格提出要返回航空團，遭到拒絕。於是，他以平民的 身份擔任工廠的技術顧問，一直協助二戰中的美國。他傾其 所有地幫助美國陸軍航空團，憑借自己所有的經驗教導其他 飛行員如何進行長距離飛行以及延長飛機的航程。
林德伯格還以平民的身份執行過 50 次飛行任務，其中 一次還擊落過一架日本戰機，隻是這個記錄當時沒有公開。
林德伯格除了在航天上，還在火箭方麵具有卓越的貢獻。
1945年 5月，在納粹德國希特勒軍的最後一支部隊投降之後， 林德伯格為了研究德國的火箭狀況，前往德國。當他來到慕 尼黑時，慘不忍睹的景象一幕接一幕地映入眼簾。到處是被 炸毀的建築物、倒塌的混凝土牆以及形同垃圾堆的大路，道路上難以看到一個人影，猶如死城一般。然而這樣的城市何止一座？
那些藏在千瘡百孔的房屋角落裏的老人、婦人、幼童 都在爭奪軍隊所丟棄的食物。這些情景使林德伯格深深體 會到一種文明崩潰的感覺。德國人無論在藝術、音樂、宗教、 哲學，還是現代科學都對世界有著重要貢獻。他們崇拜科 學，願意為科學犧牲一切，卻難以保持精神力量和物質力 量的平衡。
德國失去了這種平衡，因為他們太過於迷信科學的力量。 他們認為隻要擁有科學力量，就可以變成超人而支配全世界。 林德伯格思考，德國現在所遭遇的一切，難道沒有值得他借 鑒的地方嗎？
隻有文明而沒有科學，文明是無法繼續延續下去的。林 德伯格在德國所學到的東西就是：如果要使文明延續下去， 必須借助精神上的真理，來引導科學所具有的物質力量。現 代文明就是過於注重物質的發展，才會失去精神和物質上的 平衡。