不久之後，奧地利再次被卷入戰爭。1809年春天打了幾場決定性的戰爭，法國軍隊逐漸進逼維也納。對於癱瘓在床的海頓來說，這是最黑暗的日子。他的兩個弟弟都死了，約翰死於1805年，第二年米歇爾也死了。
這段日子裏，海頓又修改了他的遺囑。他的遺贈接受人沒有太大變更，他唯一的侄兒馬西斯成為他財產的主要繼承人。此外，他還念念不忘五十多年前在維也納借錢給他的那位安東·布赫爾茨，他給了布赫爾茨的孫女一大筆錢。海頓也沒有忘記他的家鄉羅勞，他留了一筆錢給家鄉的兩個孤兒，以撫養他們長大成人。
1809年4月，遺囑修改完後，他叫他的仆人和親戚到房間裏，宣讀遺囑，因為他想知道他們是否滿意遺囑的內容。他的仆人約翰得到的遺產也特別豐厚，除了2500金幣外，他還額外得到一年的工資和一套像樣的衣服。
戰爭仍在激烈地進行著，拿破侖節節勝利，奧地利敗績連連。5月初，法國人已攻陷維也納西郊的一些城鎮。海頓的家很靠近敵人，非常危險，庫茲柏克請他先住到他在市中心的家。海頓沒有聽他的話，因為他覺得自己已經很難適應一個新環境裏日常起居的變化。5月12日，拿破侖的軍隊開始用猛烈的炮火圍攻維也納。有一顆炮彈在海頓家附近落下，一陣震耳欲聾的劇烈聲響震得房子東搖西晃。海頓的仆人們嚇得不知所措，海頓安慰他們說：“孩子們，不要害怕，有我在，沒有什麽可以傷害到你們。”
炮轟持續了24小時，拿破侖特別安置了一個衛隊在海頓的門口站崗，以免大師受到騷擾。維也納投降後，一切又恢複了安靜。此時，海頓的神經已經開始衰弱了。他不覺得痛苦，可是他的力量正逐漸在衰退。
5月26日，海頓召集家人到他的鋼琴邊，最後一次彈奏他喜歡的奧地利國歌《神佑吾王弗蘭茲》，在奧地利投降的日子裏，這個舉動有著不凡的意義。海頓一連彈了三遍，這首不朽的曲子傾注了他對這個不幸的國家的全部感情，雖然他的力氣已經全部用完了，他卻達到了一種連他自己都覺得詫異的出神入化的表達力。