完成啤酒研究的路易斯，他跨越了一個階段，計劃進行對下一個奧秘的研究。路易斯想：“啤酒和葡萄酒的病，是由於顯微鏡觀察微生物的活動所引起的，這能不能用來解決人類和動物的疾病呢？人類和動物的一些神秘疾病，是不是也有微生物參與呢？”這是個飛躍的想象，他準備用實驗予以證明。
路易斯親身經驗過失子之痛，所以對別人的痛苦抱有更大的同情心。
路易斯很遺憾自己不是醫生，身為化學家的他，如果開始醫學研究的話，人們會怎麽想呢？想必大部分人會說：“化學家能做什麽？不能相信他的話。”
當路易斯研究蠶病的時候，就遭受過很多人的惡意批評和反對。可以想象，今後的前途將是困難重重。
讓他吃驚的是，他竟然被選為醫學科學院的院士。這是1873年路易斯年滿51歲時候的事。
路易斯真是欣喜異常，具有這樣的身份，從今往後就比較容易做醫學的研究了。
那時候的醫學很落後，一般人認為所有的疾病，都是從人體內部發生的。沒有人像路易斯這樣，推測傳染病是來自體外的。
醫生們的診斷隻是根據經驗，並不以實驗探究疾病的原因，所以，很多疾病都防治不了。
對於外科手術後發生的敗血症這一並發症，醫生們更是無從下手。手術後的傷口經常化膿，他們不知道原因。好不容易大手術成功了，患者卻多因敗血症死亡。
1870年至第二年的普法戰爭中，傷者或接受手術的患者的傷口都化膿，以致一個接著一個死亡。醫生們手忙腳亂，無計可施。當戰事接近尾聲的時候，有一位名叫阿爾方斯·蓋蘭的醫生猜想：“化膿產生的原因，很可能是巴斯德先生在空氣中發現的微生物的孢子。”能注意到路易斯的學說，可以說是醫學上的一大進步。雖然這樣的人為數不多，但畢竟已經有醫生想到應用路易斯的學說了。