路易斯在醫學方麵，花費最大力量研究的是狂犬病。之前，他把炭疽病、雞霍亂、豬丹毒等全部征服了，但是對於狂犬病的征服，卻十分困難。越是困難就越迎難而上，這就是路易斯的本性。
1880年，路易斯著手於狂犬病的研究。這一年的12月，研究狂犬病的某一獸醫，心想他自己沒有辦法解決這種難題，或許巴斯德先生可以做得到。於是他帶了兩隻狂犬前去拜訪路易斯。路易斯就從這個時候起，開始狂犬病的研究。
當路易斯開始熱衷於狂犬病研究的時候，他的某一友人說：“巴斯德先生不知道科學的界限，科學能解決的問題畢竟是有限的，我怕他徒勞無功。”持有這種想法的人不在少數。
不過也有人認為：“就巴斯德先生以往的輝煌成就來看，他或許也能防止狂犬病。”
狂犬病有麻痹性的和狂躁性的兩種。患了麻痹性狂犬病的犬，運動神經被麻痹，腰部無力以致不能站立，顎張開，舌下垂，不斷地流口水，最終導致死亡。狂躁性的症狀是眼睛血紅，見到手或棍子接近，就想噬咬攻擊，有時痛苦地悲聲嚎叫。
因為不知道狂犬病的防治方法，所以被狂犬所咬到的人隻好認命，大都不接受治療，靜靜地等死。
路易斯跟之前一樣，先從讓健康動物患狂犬病的實驗開始。實驗所用的動物是兔和狗。
他把狂犬的唾液注射到健康動物的體內，發現唾液對兔也好，對狗也好，顯然是有毒性的，可是致病力並不確實，就是說，有的發病了，有的沒有。
後來路易斯用血液實驗，仍然得不到明確結果。
路易斯不因兩次或三次的失敗而失望，他又開始另一項新的實驗。
仔細觀察狂犬病的症狀，可以明確察知這是神經係統的疾病。於是，路易斯取出狂犬的腦，加水研磨，然後注射於健康的動物而加以觀察。