雖然金錢上的壓力讓他喘不過氣，不過他對帕多瓦產生了深厚的情感。就在他去世前不久，他在給朋友的一封信上這樣寫道：
聽說你要回帕多瓦，真叫人羨慕。我在那兒度過了我生命中最好的18個寒暑，享受到了最大的自由和最多的友誼，這些都使我深深懷念和感激……
帕多瓦有一種獨特的偉大，這裏的建築物不是文藝複興時期的城堡或宮殿，而是歌特式建築影響下的產物。一間間房屋建造得結實而舒適，每間都有騎樓接連，屋簷比較矮，對秋冬的雨水和夏日的太陽有很好的防護作用。許多書店或商店前設有長凳，人們可以隨意地坐在那裏和教授交談，或者聽一些從國外回來的人帶來的最新消息。去國外參展的商人不但帶回了新的商品，也帶回新書刊和發人深思的新觀念。
帕多瓦大學是當時世界上最偉大的學術中心之一。一開始，它隻是一所法律學校，後來是由學者罷教（教師為爭取實現某種要求或表示抗議而聯合停止教課）而成立的。13世紀的博洛尼亞發生過一次城市與學校的爭鬥。教授們身穿長袍，頭戴方帽，把自己的學生集合起來，並率領他們步行到帕多瓦，建立了這所新學校。
因為這裏學術風氣比較自由，各種思想兼容並包，使得帕多瓦的課程體係日趨發展壯大，不僅有宗教、民法、醫學、哲學等，也增加了不少科學課程，如數學。上一任的數學教授是歐洲最有名望的老師，他去世後，由伽利略接任。
大家都習慣了把這所學校叫“牛”，因為校舍是旅社改建的，原來的大門上就畫著一頭牛。大學裏的人都稱自己是“鬥牛者”。和世界各地的學生一樣，這裏的學生十分重視學校的聲譽，他們隨時都願意為學校的光榮傳統而戰。
這群“鬥牛者”和耶穌會發生過激烈的爭執，在帕多瓦大學成立多年後，耶穌會也在這個城市建立了自己的大學。為了爭取在上課前敲打銅鍾的權利，兩所學校的學生差一點打起來。大學的教授們沒有使用拳頭，卻使用筆戰，運用辯論術來批評耶穌會的許多觀念。耶穌會的人則攻擊大學教授團的“異端邪說”。