9月間，歌劇《魔笛》（K.620）完成。莫紮特曾親自指揮首次公演。《魔笛》講述了這樣一個故事：埃及王子塔米諾被巨蛇追趕，後來被夜女王的宮女所救。夜女王拿出女兒帕米娜的肖像給王子看，王子一見傾心，心中燃起了愛情的火焰。夜女王告訴王子，她女兒被壞人薩拉斯特羅搶走了，希望王子去救她，並允諾隻要王子救回帕米娜，就將女兒嫁給他。王子同意了，夜女王贈給王子一支能解脫困境的魔笛，隨後王子就起程了。事實上，薩拉斯特羅是智慧的主宰、“光明之國”的領袖，夜女王的丈夫死前把法力無邊的太陽寶鏡交給了他，又把女兒帕米娜交給他來教導，因此夜女王十分不滿。夜女王企圖借助塔米諾的力量摧毀光明神殿，奪回女兒。王子塔米諾經受了種種考驗，識破了夜女王的陰謀，終於和帕米娜結為夫妻。
莫紮特的音樂中富有人們所能想象到的一切變化。《魔笛》裏，夜女王唱的是冷冰冰的花腔，比在意大利歌劇中所能找到的任何花腔的變化都要多。塔米諾唱的是流行曲調和華爾茲。薩拉斯特羅和他的部下們唱的是共濟會風格的音樂，豐富、深沉而感人。蕭伯納對這部歌劇的評價很高，稱它是“從上帝口中唱出來的音樂”。
這部歌劇的第二幕中，當夜女王強迫她的女兒去殺薩拉斯特羅時，音樂的變化和對比更為強烈。這首“複仇抒情調”用快速、強烈、冷淡而驚人的聲音跳上跳下，達到了歌劇最高的音符。緊接著，薩拉斯特羅唱出和平與寬恕，他的抒情調“在這些神聖的會堂裏”是緩慢、柔和、熱情而舒適的，逐漸降到男低音範圍內最低的音符。
《魔笛》是一個傑作。斯勘奈德飾演塔米諾，康絲坦茲的大姐飾演夜女王。觀眾們不斷地喝彩，但是莫紮特卻更為感謝他所說的“無聲的喝彩”。