有意思的是，雖然被當眾脫光衣服狠狠打了五十杖，王守仁這個兵部六品主事居然沒有如皇帝所願被當場打死，還剩了一口氣兒，於是被投入鎮撫司詔獄接著受罪。
此時，遍體鱗傷的王守仁正躺在那個永遠暗無天日的臭牢坑子裏苦苦掙紮，血肉模糊的傷痛入骨髓，令他一刻也無法安寧，難以形容的疼痛又使他絲毫無法活動，隻能像條離了水的魚一樣在腐臭的爛泥裏一下下地扭動，橫在小土台子上俯臥著，自己也不知道這是在養傷，還是在等死。
王守仁被關進詔獄之前，已經有幾十名官員因為勸諫皇帝而獲罪被投入詔獄，這座專門關押重犯的監獄早就塞滿了，輪到王守仁坐牢的時候，就隻剩獄神像跟前的一間囚籠給他住了。與其他牢房相比這裏有個好處，獄神像腳下供著個小小的香案，上麵點著兩支蠟燭，透出隱隱的黃光，使這間小牢房不像其他地方那樣漆黑死寂、伸手不見五指，又有錦衣衛差官們走來走去，時時低聲交談，雖然這些錦衣衛如狼似虎令人畏懼，可有幾個人在眼前走動，隱約能聽見幾聲人話，至少讓王守仁知道自己還是個活人，並沒變成孤魂野鬼。
剛被投入囚室的時候，王守仁隻知道疼痛，其他什麽也顧不得，後來他漸漸習慣了，肉體的痛苦似乎可以忍受。這時候王守仁開始覺得十分委屈，心裏氣憤難平，因為他實在沒有做什麽過分的事，正德皇帝沒理由對他施以如此殘酷的懲罰。
其實王守仁所上的奏章內容並不長：“臣聞君仁則臣直。大舜之所以聖，以能隱惡而揚善也。臣邇者竊見陛下以南京戶科給事中戴銑等上言時事，特敕錦衣衛差官校拿解赴京。臣不知所言之當理與否，意其間必有觸冒忌諱，上幹雷霆之怒者。但銑等職居諫司，以言為責，其言而善，自宜嘉納施行；如其未善，亦宜包容隱覆，以開忠讜之路。乃今赫然下令，遠事拘囚，在陛下之心，不過少示懲創，使其後日不敢輕率妄有論列，非果有意怒絕之也。下民無知，妄生疑懼，臣切惜之。今在廷之臣，莫不以此舉為非宜，然而莫敢為陛下言者，豈其無憂國愛君之心哉？懼陛下複以罪銑等者罪之，則非唯無補於國事，而徒足以增陛下之過舉耳。然則自是而後，雖有上關宗社危疑不製之事，陛下孰從而聞之？陛下聰明超絕，苟念及此，寧不寒心！況今天時凍冱，萬一差去官校督束過嚴，銑等在道或致失所，遂填溝壑，使陛下有殺諫臣之名，興群臣紛紛之議，其時陛下必將追咎左右莫有言者，則既晚矣。伏願陛下追收前旨，使銑等仍舊供職；擴太公無我之仁，明改過不吝之勇；聖德昭布遠邇，人民胥悅，豈不休哉！臣又惟，君者，元首也，臣者，耳目手足也。陛下思耳目之不可使壅塞，手足之不可使痿痹，必將惻然而有所不忍。臣承乏下僚，僭言實罪，伏睹陛下明旨有‘政事行失，許諸人直言無隱’之條，故敢昧死為陛下一言。伏惟俯垂宥察，不勝幹冒戰栗之至！”