麥克阿瑟的父親老麥克（也就是阿瑟第二），很勇敢，他17歲那年，美國內戰爆發，便投身軍隊。他身為麥氏家族的一分子，又是法官的兒子，自覺應該為國效勞。他的父親曾給林肯寫信，要求把兒子送入軍校，參議員傑姆斯·R.杜立德把他帶進白宮，總統解釋西點軍校候補軍官目前無缺，十分抱歉。法官又在密爾沃基施展了政治手腕，1862年8月4日，阿瑟第二終於被任為陸軍中尉，並成為日後被他統率的聯隊的副官。
阿瑟第二被稱為“娃娃副官”，他的司令官也曾很生氣自己的副官居然是個小孩子，但他在作戰時的表現卻令人刮目相看。上司稱讚他勇敢，把他的軍階升為上尉。第二十四團對他的考核是：“立即了解情況……深具信心，集中精神統轄團隊。”
他在教士嶺的表現很出色，打了勝仗，當時的上尉寫信給阿瑟第一——
麥克阿瑟法官：
阿瑟很了不起，他好像什麽都不怕，在叢林中可以跟一群猛虎打架，他是團隊的英雄。你知道，現在的軍官有缺，要投票補充，阿瑟已被一致通過，升為少校。
此後，南北戰爭中，阿瑟第二屢建奇功，19歲就擢升為上校。內戰結束後，威斯康星第二十四團也隨之解散，阿瑟第二晝夜攻讀法律，不久又因為邊境的印第安族作亂，被迫放棄，重新被編入正規陸軍擔任少尉軍官，後來又升為中尉，1866年進階上尉。
阿瑟第二在駐邊界期間，鎮壓騷擾、排解糾紛的生活十分枯燥，每天的大事就是薄暮時的下旗典禮，儀式非常隆重。晚間熄燈號前，大部分人都飲酒消遣，也有人利用閑暇時間讀書。老麥克在這段期間，潛心研究政治經濟，探討殖民地時期及革命時期的美國曆史，比較英國和美國的憲法，廣泛地研究各國文化和製度，攻讀各名家的著作，為的是接受華盛頓國家法律學院的法律博士學位。