1665年可怕的鼠疫在英國大肆傳播。鼠疫是種令人深感恐懼的傳染病，這種病一旦傳播起來，非常迅速。它是由老鼠身上的跳蚤傳播病菌的，人一旦傳染上這種病菌就很難存活。人被傳染後身上會出現許多黑斑，所以又稱“黑死病”。這種傳染病的可怕之處是一旦流行起來難以控製，死者成千上萬。
當時，英國首都倫敦是個被稱為垃圾堆的不潔都市，這種地方性的疾病，就是從倫敦流行起來的。
“牛頓同學，事情不好了！”八月一個酷熱的日子，同室的威金斯，一從倫敦回來，就搖著專心讀書的牛頓肩膀喊叫。牛頓緩緩抬起頭來，愣愣地看著驚惶的室友。
“倫敦正因鼠疫陷入大混亂！”威金斯再度強調一遍。
“這是倫敦的事情啊。”牛頓又把視線落在書本上。倫敦距劍橋大學的路程並不是很遠，但牛頓似乎沒覺出這與他有絲毫的關係。
“牛頓同學，據說是去年開始流行的。”牛頓仍專注書本。
“倫敦是擁有四十多萬人口的大都市，但現在的街道上靜悄悄地不見人影，大家都躲在家裏不敢外出。上周就死了七千多人。聽說有一家十二人全部死亡，烏鴉群盤繞在房頂的上空。”因為是威金斯親眼所見，他越說越激動。牛頓終於不得不抬起頭來，腦中同時想著色彩論和鼠疫兩件事。
“看到劍橋居民用馬車裝載行李，準備疏散到鄉下的慌亂情形，相信你也會嚇一跳的。”
“什麽?”牛頓腦中的色彩論消失了。
“你認為這次的鼠疫事件會怎樣?牛頓同學。”
“當然很麻煩！”
當時，傳染病的病源還是一個謎，有效的藥物還沒有被發現。所以，唯一能做的隻有逃離疫區，沒有更好的辦法了。人們盛行用金鳳花的根或番紅花和以白葡萄酒煎煮服用的方法來治療，但這種方法根本無效。隻要被傳染上鼠疫等於被宣告死刑。恐怖的黑死病風暴橫掃倫敦之後，已經蔓延到劍橋來了，學校不得不停課休假。