鼠疫的傳播終於抑製住了，經過一年半惶恐不安的日子，劍橋大學恢複了正常的教學。1667年的3月25日，牛頓回到三一學院 自己的房間裏。最先見到的是室友威金斯。
“鼠疫休假挺有趣的。”威金斯得意地、滔滔不絕地說些牛頓不感興趣的話。牛頓隨聲附和著，他不願讓室友覺得自己不好相處而傷感情。況且威金斯把想講的話一下子全說出來，就感到滿足了。
也許是從小在鄉下長大的關係吧，牛頓一進入這座圓屋頂的哥特式建築物內，在家鄉時的那種像是自由飛翔的心情，突然間失去了活力。那個推導出微積分、發現光分解原真理、發現萬有引力的傑出頭腦，不知隱藏到哪裏去了，智慧之泉仿佛已經枯竭！同年秋天，牛頓被推薦為特別校友，可領年薪兩百鎊，從此脫離工讀生的苦境，不用為費用擔心了。不過牛頓得擔任指導員和負責教授兩個學生的個人教授，房間也搬到正門上麵的三樓。
牛頓對教書沒有興趣，所以講課時沒有什麽**，學生也不喜歡他講的內容，可是牛頓並沒有注意到這一點。牛頓幾乎很少到學院外麵去，偶爾外出也是為了買書籍、器材、藥品等。
“你又要做什麽呢?”一天，威金斯看見牛頓又在房間裏忙著搜尋放在各處的奇怪的東西，於是問牛頓。房間裏鑽子、錘子、圓規、磁鐵、棱鏡等堆得到處都是。
“做望遠鏡啊。”牛頓幹脆地回答，威金斯很疑惑地看著那堆材料。
“望遠鏡?”威金斯腦中的望遠鏡是前端有凸透鏡，接眼的一端有凹透鏡的伽利略式的，現在卻看不到要用於望遠鏡的大片的透鏡，心想：“一定是奇怪的望遠鏡！”
“是反射式的。”牛頓接著說。
“嗯。”
威金斯不知牛頓的葫蘆裏賣什麽藥。
牛頓用木板做了一個四方形的淺底箱，裝上了沙，就使得沙表麵凹或凸起來了。