施韋澤前去拜訪醫學院院長，並向他說明來意，由於施韋澤神情木然，院長認為他腦子有問題，甚至建議他去看精神科的醫生。後來經過多次努力，教授被他的誠心打動了。
當時，還有很多問題尚未解決。校方認為他是大學教授，不能同時兼備學生的身份，除非是以旁聽的資格，否則不能到校聽課，但是學校有規定，旁聽生不能參加醫生資格的鑒定考試。但施韋澤毫不泄氣，四方奔走，最後終於獲得有關方麵的支持，校方提出的條件是，如果醫學院教授肯發給旁聽證，他就可以參加醫生考試，許多醫學院教授是他的同事，都對他網開一邊，免費授課。從這一天開始，施韋澤開始了長達幾年的艱苦學習。
施韋澤無法立刻辭掉神學教授以及牧師的工作，禮拜日仍和往常一樣上神學課和講道，同時還得學習醫學方麵的課程，而且他比以往更加努力地練習管風琴。
1905年，他們創立了“巴黎巴赫學會”，會長指定施韋澤擔任管風琴演奏，因而鼓勵他進一步學習，每逢冬季，他必須前往巴黎演奏。他的生活被工作全部填滿，幾乎找不到一絲空閑的時間，在聖尼古拉教堂講道的底稿，絕大多數都是往返巴黎與斯特拉斯堡途中寫完的。在研究醫學以後的幾個月中，他將有關管風琴製作的論文以及《耶穌生平研究史》的最後一章完成。
1909年5月13日，施韋澤參加醫生預備考試。在學習中，他備感艱辛，無論怎麽努力，終究還是比不上20歲左右的青年學生的記憶力。施韋澤平時就非常厭惡為考試而讀書，他認為應該為學問而讀書。考試的日子終於來臨。他在同班同學的幫助下，加入“應考協會”，在那裏他學到考試的竅門，以及如何作答。那一陣子，他身心均感疲憊，但幸運地通過了考試，這完全要歸功於在“應考協會”裏受到的指導。之後的課程以臨床實驗為主，比過去輕鬆得多。