接著，拿破侖又計劃進軍印度，拿破侖很向往東方國家。就在這時，發生了一件事。拿破侖登陸埃及的艦隊被擊沉了，停泊在尼羅河口阿布基爾灣的法國軍艦，遇到了納爾遜的艦隊，被全部殲滅了。
聽到這個消息，拿破侖一時也失去了主意，茫然發起怔來。
“怎麽回事？這樣一來，我軍會被遺棄在沙漠中。”拿破侖軍隊與法國本土中斷了聯係。到底要怎麽辦，才能回到法國呢？
“真糟糕，我隻注意陸軍，沒想到因此而失敗了！”幕僚們也因絕望而麵無血色。
“可惡的英國艦隊！”
“如果我們擁有一位海軍名將，就不會遭到如此的慘敗了。”
“我們的海軍是太不像話！”部下們都異口同聲地責備海軍。
拿破侖卻說：“是我不好。因為我從來沒注意到海軍，我們現在來為殉國的水兵祈禱吧！”拿破侖低頭禱告，“既然如此，那幹脆離開法國，征服東方吧！”不管遇到任何困難都不會退縮的拿破侖在埃及開始了他自立更生的計劃。於是，他放棄了回國的願望，想沿著陸路從敘利亞、美索不達米亞到達印度，然後在印度編組崇拜拿破侖的土著軍，再回頭征服歐洲。
拿破侖就是這樣一位越是困難越會空想的英雄，隻要有心去做，沒有做不到的事。
1799年2月10日，拿破侖率領14000名士兵進攻敘利亞。因為他得到情報，獲知敘利亞方麵的土耳其軍想趁機攻擊孤立在埃及的法軍。
那就先下手為強，拿破侖又發動他最拿手的如旋風般的攻擊，進攻了敘利亞。於是，大軍又開始了沙漠行軍。通過沙漠時隻要能夠遇到水，全軍就能恢複作戰。
2月22日，法軍擊敗土耳其軍。24日，法軍進入巴勒斯坦，攻陷加沙。3月4日，他們包圍特拉維夫·雅法，一星期後占領該城。