總統麵臨的問題
很多人會說，傑斐遜在當選總統之後，他的人生最高峰就達到了，之後開始緩緩向下滑落，而且他之後也沒有什麽作為了。更有人說，傑斐遜在勝任總統之後，把他一生中最精彩的，都留在了之前還有第一次就職演說的時候，以後還剩下些什麽呢？似乎什麽都沒有。至於後來傑斐遜購買路易斯安那的土地，完全是個偶然的事件，他能夠買到這片土地，最大的原因是拿破侖的癡心妄想，而不是傑斐遜憑著他外交能力而取得的。其實，這種說法很不正確。
1803年的《亞眠和約》終於還是讓西歐的國家都暫時保持了很長時間的和平，而這也能讓傑斐遜有時間實施他的計劃，將美國的陸軍減到了3000人，海軍更是減到了隻剩幾艘戰艦而已。雖然傑斐遜就任總統之後立刻就產生了小範圍的戰事，但是他憑著堅定的決心小心處理了此事，而沒有讓這戰事波及整個美國。
傑斐遜也開始了修整雖然看著表麵十分穩定但是內部卻是千瘡百孔的共和國，下令恢複出版和言論的自由，並且徹底杜絕了軍國主義的思想與政策。當然，這些事情都是他悄無聲息地進行的，從來沒有大事宣揚過，要知道傑斐遜是個厭惡吹捧自己的人。
新的共和國國會從誕生之後，立刻廢止了叛亂法案和外人法案，對那些受到其他國家壓迫剝削而逃亡的流民美國再次向他們打開大門。在傑斐遜的內閣裏，起用了一個瑞士後裔為財務部長。這個人確實有能力，傑斐遜在這位能幹的理財家的協助之下，減少了1000萬美元的國債，以此同時還適量減輕了人民的稅賦。除此之外，傑斐遜還對稅務進行了調整，廢止了聯邦政府抽取的威士忌酒稅。之後，傑斐遜越來越受到人民的支持，他的聲名也響徹整個美國，而聯邦黨也在慢慢地消失，由以前有組織有力量的政治團體，變成了隻有幾個人堅守的政治勢力。