公元前346年以來，馬其頓和希臘雙方一直勉強維持著和平，但關係日漸緊張，至公元前340年，新的戰爭終於爆發了。腓力又要領軍出戰。
這一年，亞曆山大剛好16歲。一天，腓力把亞曆山大叫到宮廷中，並告訴兒子，自己將要帶著軍隊出去作戰，國家則由他來管理，希望他能為他分擔國家大事，參與政治和軍事事務。腓力同時安排了安提帕特將軍留守。
留守期間，亞曆山大和安提帕特曾一度擊敗前來進攻的密底人。亞曆山大初次上陣就展現了他的軍事天賦。他大敗敵人，一直進軍到他們的城市，驅散了當地人，重新組織移民，並且奪得了一個軍事基地。亞曆山大把這塊地方命名為“亞曆山大城”，用來紀念他的第一個戰果。在兩年以前，父親腓力也曾經取得過類似的戰果。亞曆山大發動這次戰爭的動機，是不是出於和父親互相競爭的心理呢？也許這就是亞曆山大一生戰功卓著的原動力吧。
亞曆山大18歲的時候，就跟隨父親南征北戰。這些戰爭教會了年輕的亞曆山大如何部署軍隊，期間，他還斷然地實行了許多改革。在一場決定了希臘命運的喀羅尼亞戰役中，亞曆山大發揮了極其重要的作用。
戰爭開始後，腓力二世率先率領騎兵向前逼近，隨後的禁衛步兵方陣依斜型序列跟進，中央馬其頓方陣緊跟著前方的斜型陣列前進，但左翼的亞曆山大卻按兵不動，當馬其頓右翼接近時，雅典軍向前衝鋒，雙方步兵短兵相接，騎兵相互廝殺。激戰一段時間後，腓力開始撤回自己的右翼軍隊，而雅典重裝步兵立即隨後追殺，在不明馬其頓軍企圖的情況下，雅典的盟軍底比斯軍選擇按兵不動，靜觀其變，但這樣的結果使雅典和底比斯兩軍間出現鬆動，雅典軍的右翼被暴露出來。亞曆山大見戰機終於出現，立即率領騎兵組成菱形突入雅典軍的右翼，並令遊擊步兵向前阻擋底比斯軍對雅典軍的救援，腓力也迅速朝雅典軍正麵猛攻，在兩方攻擊下，雅典軍很快潰散。亞曆山大隨即率領騎兵繞至底比斯軍後方，朝底比斯聖隊發起衝鋒，將其殲滅。雅典聯軍全線潰敗，馬其頓獲得決定性的勝利。