卻說盧循、徐道覆回泊蔡洲，靜駐了好幾日，但見石頭城畔，日整軍容，一些兒沒有慌亂。循始自悔蹉跎，派遣戰艦十餘艘，來攻石頭城外的防柵，劉裕命用神臂弓迭射，一發數矢，無不摧陷，循隻好退去。尋又伏兵南岸，使老弱乘舟東行，揚言將進攻白石。白石在新亭左側，也是江濱要害，裕恐他弄假成真，不得不先往防堵。會劉毅自豫州奔還，詣闕待罪，安帝但降毅為後將軍，令仍至軍營效力，帶罪圖功。毅見了劉裕，未免自慚，裕卻絕不介意，好言撫慰，即邀他同往白石，截擊賊船，但留參軍沈林子、徐赤特等，扼定查浦，令勿妄動。
及裕已北往，賊眾自南岸竊發，攻入查浦，縱火焚張侯橋。徐赤特違令出戰，遇伏敗遁，單舸往淮北。獨沈林子據柵力戰，又經別將劉鍾、朱齡石等，相繼入援，賊始散去。盧循引銳卒往丹陽，裕聞報馳還，赤特亦至，由裕責他違令，斬首徇眾。自己解甲休息，與軍士從容坐食，然後出陣南塘，命參軍諸葛叔度，及朱齡石分率勁卒，渡淮追賊。
齡石部下多鮮卑壯士，手握長槊，追刺賊眾，賊雖各挾刀械，終究是短不敵長，靡然退去。齡石等亦收軍而回。盧循轉掠各郡，郡守皆堅壁待著，毫無所得，乃語徐道覆道：“我軍已敝，不如退據尋陽，並力取荊州，徐圖建康罷了。”兵法有進無退，一退便要送終了。乃留賊黨範崇民，率眾五千，踞守南陵，自向尋陽退去。
晉廷授劉裕太尉中書監，並加黃鉞。裕受鉞辭官，朝旨不許。裕表薦王仲德為輔國將軍，劉鍾為廣川太守，蒯恩為河間太守，令與諮議參軍孟懷玉等，率眾追賊，自己大治水軍，廣築巨艦，樓高十餘丈，令與賊船相等。船既築成，即派將軍孫處、沈田子，領著百艘，由海道徑襲番禺，直搗盧循老巢。諸將以為海道迂遠，跋涉多艱，且自分兵力，尤覺非計。裕笑而不答，但囑孫處道：“大軍至十二月間，必破妖虜。卿為我先搗賊巢，使彼走無所歸，不怕他不為我擒了。”料敵如神。孫處等奉令去訖。