卻說江南大營，係是欽差大臣向榮統轄，張國梁為輔，自鹹豐三年起，駐紮南京城外孝陵衛，與江北大營相犄角。江北大營統帥琦善，本是個沒用人物，圍攻揚州幾一年，兵餉用得不少。左副都禦史雷以諴，正奉命巡閱河防，聞琦善師久無功，請旨剿賊，捐資募勇，自成一軍，紮營揚州城東麵，與琦善大營作為犄角。又複仿江都仙女鎮抽厘章程，創設板厘活厘的名目，收充軍需。板厘是取諸坐賈，按月征收，活厘是取諸行商，設卡征收，看貨物的貴賤，作為等差；大約每百文中，取他兩三文，商賈尚不致病累，軍餉恰賴是接濟，當時稱他為妙法，都照樣循行。此特一時權宜之策，乃軍興以後，相沿未絕，至今益厲，商民交怨，不得謂非雷氏之作俑。琦善大營，自然照辦，不必細說。
當下士飽馬騰，正期一鼓殲敵，朝旨又責成琦善，叫他克日破城，殲除務盡，毋使旁突滋擾。會洪秀全遣丞相賴漢英援揚，為副都統薩炳阿等所敗，琦善因勝而驕，自謂無恐，哪知賴漢英竟赴瓜洲，殺退參將馮景尼，師長鑣及鹽大使張翊國。揚州長毛，得知瓜洲道通，遂率全股衝出揚城，會合賴漢英，占據瓜洲，琦善徒得了一個空城，有旨責琦善不力，革職留效，馮景尼正法，師長鑣等遣戍。琦善惶急異常，令總兵瞿騰龍進剿瓜洲，騰龍陣亡。警報傳至揚州，急得琦善成病，不數月而逝。江寧將軍托明阿，奉旨代琦善任。托明阿的才識，與琦善也差不多，隻浦口一戰，稍獲勝仗，然亦虧向榮派員夾攻，方得此勝。嗣後擁兵自固，毫無進取，因此江北大營，遠不及江南大營的威望。但向榮、張國梁，雖是有些智勇，誓複金陵，究竟金陵城大而堅，洪、楊又作為根據地，悉銳固守，被圍兩三年，仍舊負嵎抗拒；兼且遣眾四擾，牽動官兵，向榮又不能坐視不救，隻得分兵援應。以故轉戰頻年，迄無成效。