洪武五年，內閣對朝廷各地官員進行了大麵積調整，其中青州刺史山簡調任民政部尚書，其青州刺史位由劉喬接任；益州刺史羅尚也因功調任散騎右常侍，其益州刺史由雍州刺史皇甫真接任，而原民政部尚書調任雍州刺史。
這些都不是眾人最關心的，其實大家最關心的還是新納入的幽州、平州、安東地區，因為這些地方最容易出成績，將來也最有可能升任內閣大學士。不像其他州郡，要想在前任的基礎上做出貢獻恐怕不太容易。
司馬遹通過內閣任命裴嶷為幽州刺史、溫襜為平州刺史，安東都督府都護暫時由崔涼接任。崔涼能當上安東都護還是沾了出身崔家的光。安東下轄的土地基本上都是原來高句麗的地盤，這個時候司馬遹崔涼到安東就是為了利用其崔毖族兄的身份來安撫高句麗人。與此同時，大量從各個大學堂畢業的年輕官員被調往遼東地區，以便迅速恢複遼東當地的經濟建設。
為了保證遼東經濟建設，在孟觀回朝中主持樞密院工作後，整個遼東地區共駐有三廂陸軍、三廂騎軍、四廂陸戰隊，共三萬兵馬以此來保證當地的安全。這些兵馬統歸安東都督府管理。
在保證軍事威懾下，遼東各地在朝廷新任官員的指導下，開始了轟轟烈烈的農業改革。大量被沒收的土地全都無償的分給了遼東的漢人以及部分歸屬胡人，他們按照中原建設中取得的經驗，開始在遼東大規模推廣大農場、大養殖場計劃。
經過再三辨別之後，總共有兩百萬各族胡人成為最新的華夏子民，這部分胡人主要是鮮卑、烏桓兩族當中的破落戶和底層胡人，他們對自己本族基本上沒有多少歸屬感，在晉軍清理掉胡人的上層貴族之後，這些底層胡人就成了重點拉攏的對象。
這次遼東大戰，不但收複了大片土地，同時也掠奪了大量人口，光是從高句麗國就掠奪了一百多萬人，再加上散落在遼東各地的鮮卑人、烏桓人，加在一起足足有兩百多萬。為了改造這部分胡人，朝廷不但用利益誘惑對方，還出動軍隊徹底消滅象征著各族標誌的文化、建築等特征。