隨著江東各地叛亂被平息，朝廷的重心逐漸轉移到開發江東並恢複當地經濟上，當然了司馬遹也沒有忘記清算江東世家。在這次叛亂當中，江東世家可謂是損失慘重，顧、張兩大世家煙消雲散，陸、周兩家也實力大損。
江東沒有了世家牽製，在朝廷官員的主持下，各地開始了轟轟烈烈地政策改革，大批農奴、佃戶、奴仆被釋放成自由民。這些人不但被授予田地，同時他們的孩子也被允許上學並參加科考。
當一些農奴、佃戶、奴仆雙手接過朝廷頒發的證書、房契、田契等文書的時候，不由得痛哭流涕，跪在地上高呼萬歲。隨著兩百多萬底層百姓分得田地，江東原有的經濟基礎一下子被打破，曾經被世家壟斷、控製的江東終於重歸朝廷。
至此，朝廷不但又多出了三百萬人口，同時江南廣袤的土地和豐富的資源為大晉經濟發展再次注入巨大的活力。北地一些有實力的工廠主、農場主、世家大族紛紛南下，在江東大片尚未開發的土地上進行圈地、建廠、建莊園。
與此同時，內閣也不甘示弱，在張賓的主持下，戶部拿出巨額資金投資到江南。一時間江南沿海地區又多出五個新建港口和三大造船廠，江東在朝廷傾力支持下，其經濟在迅速的恢複著。
具體的經濟發展用不著司馬遹親自動手，他隻要把握住大的方向，剩下具體的事情就可以交給內閣處理。因此隨著江東經濟建設走上正規，司馬遹終於騰出手來見見曆史上的晉元帝司馬睿，
“罪臣司馬睿見過陛下！吾皇萬歲萬歲萬萬歲！”司馬睿自打來到北地之後就沒有睡過一天安穩覺，每天他一醒來想的第一件事就是：皇帝降罪的聖旨是不是到了？盡管王導再三勸慰仍然沒有一點效果，等了幾天，終於等到了皇帝召見他的聖旨。