太祖皇帝朱元璋處死丞相胡惟庸之後，就撤銷了存在上千年的丞相一職，同時將中書省、門下省廢除，隻剩尚書省，但是卻不設立首席長官尚書令，甚至連左右仆射都不設，這樣，皇帝以下，就是六部尚書，同時，加上督察院、通政司、大理寺，一共九個部門，稱為“九卿”，權力平行。
明代中樞政務機構朱元璋時期曾設有太師、太傅、太保（三公）和少師、少傅、少保（三孤），作為皇帝的佐官，輔佐理政。明成祖上台之後，廢除了三公三孤，改設內閣，置內閣學士，官階五品，幫助皇帝處理朝政。在這時候，內閣還僅僅是國事谘詢機構，明朝中後期，這才逐漸演變成了決策國事的重要力量。
明成祖成立內閣以後，把原來宰相擁有的決策權牢牢把持在自己手中，議政權分給內閣，行政權分給六部（刑部行使的是司法權、兵部行使部分軍事權），部分司法權分給了督察院、大理寺。而兵權是牢牢控製在明成祖手中的，督察院雖然統轄有衛所軍隊，卻沒有調動的權力，而兵部更是隻負責軍隊的訓練和武器裝備管理等等行政事務。不過，五軍都督府的都督可都是追隨明成祖奪江山的靖難功臣，地位顯赫的國公侯爺。
剛才明成祖點名的這些人，可以說是明成祖時期的最高權力群。昨天晚上太子朱高熾病重，太醫說他最多也就三五年的命，少則三五個月。今天早朝，明成祖就將這些最高輔佐官員聚集文淵閣議事，恐怕十有八九與太子的事情有關。
不料，進了文淵閣之後，明成祖第一件事並沒有說太子的事情，而是陰著臉對紀綱道：“紀愛卿，在朝堂上剛才有些話朕不方便說，現在朕問你，你是否已經知道林遠被楊愛卿無罪開釋的事情，這才故意借口收屍，想讓朕注意此事，好治他一個抗旨之罪，對嗎？”