既然東林黨已經被摧毀，實體力量已經不複存在了，那麽下一步就要摧毀他們的精神力量了，以魏忠賢為首的閹黨及爪牙已經意識到了這點，於是給魏忠賢做了匯報，魏忠賢便做了安排，由吏部給事楊所給天啟皇帝上奏，內容是要把影響很大的三個案子輯錄成一個讀本。刊印天下，這樣才能夠警示後人。不久後又上奏建議仿製世宗禦製的《明倫大典》。
天啟皇帝收到上疏後並沒有在當時點名如何處理，這個事情一直放在一邊，在九月份的時候，和楊漣等人有過過節的禦史賈繼春又給天啟皇帝上疏，建議把楊漣等六人所犯的罪尤其是他們在詆毀先帝，侮辱李選侍和“皇八妹”這些重罪公開。讓天下的黎明百姓都知道他們所犯的罪過不可饒恕。
這一次天啟很快就同意了。但對於具體怎麽編，曆史上沒有明確記載。
到1626年的一月，天啟皇帝覺得三大案件應該有個蓋棺定論了，於是就下諭要求編篡《三朝要典》，由顧秉謙擔任總負責人，黃立極、馮銓、丁紹軾擔任副手。這些編寫的人員全是閹黨的清一色。
編撰的架構體係建立之後，閹黨的骨幹大臣紛紛加入，總負責人深知這個事情很重要，馬虎不得，於是認真挑選可靠的人員參與謄寫，結果第一次報上去，魏忠賢就否定了四個人，懷疑這幾個人與東林黨有關係，於是便將四人免職。
編寫工作開工以後，工作順利展開，從一月份人員的組成，到三月底全部編完，花了兩個多月時間，編完之後崔呈秀把稿子瀏覽了一遍，覺得稿子有寬度，但還缺乏深度。他覺得可以從另外一個方向，比如把國家的根本和案子的關係講起，就可以突出案子的示範性，於是他提筆上疏《三案本末》，把故事重新捋一遍，天啟皇帝看後很認同，於是采用了。