北平府九門被奪，城中燕王府一衛兵馬迅速占領了北平布政使司衙門和都指揮使司衙門，並接管了城門防衛，正陽門城樓上，代表大明所屬城池的天子團龍旗被撤下，換上了黑色的燕軍朱棣的王旗。
傾盆大雨中，一切進行得有條不紊，仿佛演練了許多次一樣，半個時辰之內，所有朝廷派駐北平的衙門皆被燕軍占領，朝廷委派的官吏，包括布政使司的推官甚至衙門，各漕道，鹽道衙門的官吏，皆被捉拿下獄，從燕王者許以高官，不從者獄中誅殺。
北平城即曰起開始實行宵禁，任何官員百姓酉時二刻起不得外出犯夜，違者梟首，北平百姓驚慌失措，噤若寒蟬，巨大的恐慌情緒彌漫北平城。所有人都明白，燕王終於反了，大明要變天了。
三月初十，誅殺張昺，謝貴的第二天，朱棣於城中廣發安民告示，溫言撫慰城中百姓不必慌亂，此為朝廷與藩王政見之爭，不會波及民間，請北平的百姓軍民各安其所，各艸其業。
蕭凡秘密安插在北平城中的錦衣衛聯絡處在朱能奪九門時便已知曉了這個驚天的大事件，錦衣衛的聯絡居所內，數隻信鴿撲扇著翅膀衝天而起，往南方飛去。
三月十二，花了三天時間，朱棣調集了燕軍十餘萬將士，留下兩萬守山海關，以防北方韃子，餘者十三萬大軍集結於北平城外，朱棣一聲令下，燕軍兵鋒直指居庸關。
十餘萬燕軍開拔的同時，朱棣的起兵檄文通過各種途徑傳揚天下各州各府。
檄文裏將建文皇帝說成昏庸之君，年輕幼稚不懂事，隻知寵信身邊殲臣如蕭凡，茹瑺，齊泰之流，這幫殲臣欺君罔上，禍亂朝綱，離間天家骨肉，殘害朝中忠良，致使天下動蕩不安，朝堂烏煙瘴氣，所以燕王決定以兵諫上，請求天子誅殺殲臣，任用賢能，勿使荒銀雲雲……檄文中，朱棣再三強調自己並非謀反，而是為了清君之側，隻要天子願意誅殺殲臣，他朱棣立馬罷兵，並且自縛雙手，親自進京向天子請罪，雖萬死亦無怨言。