李申出生在一個富貴之家，他的父親早年間是一位落第秀才，後來年齡漸大，實在沒辦法就去做了當地厘金局幫賬，而後又去了錢莊任分莊經理。當時正處清末，外國資本主義的萌芽開始在中國的大地上稀疏出現，他的父親雖然不複年輕，好歹有一雙慧眼，與鄉裏的夥伴們集股在當地創辦麵粉廠。沒想到麵粉廠越辦越好，他瞧準時機又緊接著創辦了紗廠、紡織廠。
從此之後便一發不可收拾，雖然在一長段風雲變幻的時期曆經磨難，但他的父親還是極其成功地成為一名遠近聞名的實業家，家中十分闊綽。
李申出生之後，他的父親並沒有讓他過早接手自己的產業，早年的求學誌向讓他把希望都壓在了這個獨子身上。因此在李申還很小的時候，父親就請了位教書先生在家教授他讀書，讀的是四書五經、八股策論，李申聰慧非常，很得他父親的喜歡。
隨著李申慢慢長大，周圍天地格局一再變化，在不斷的讀書求學當中，愛國救亡運動在他的心裏逐漸埋下了種子。而他的父親早年間也是一名知識分子，而後作為實業家思想並不被禁錮，便傾其所能支持李申，讓他學習外國先進知識，了解外國優秀文化。
而後盧溝橋事變爆發，李申懷著一腔熱血多次參與、組織抗日救國行動，後來事情敗露，為了躲避迫害，他幾經奔走逃往外地。到後來抗日戰爭愈演愈烈，他的父親決定讓他到外國留學，“師夷長技以製夷”的說法在父親的思想當中根深蒂固。李申自己也十分清楚當時麵臨的處境，因此答應了下來，獨自一人漂洋過海遠渡外國。
在外國的大學中，他繼續學習深造一門新學科——地質學。中國地域遼闊，大川大河、崇山峻嶺何其多，如果加以研究開發，當中所儲存的資源不可限量，因此他便一門心思地研究地質學。