人類文明消失於一場源自於R型病毒的浩劫當中，這是白琦已經明晰的事實，但他對人類建立“火種計劃”的初衷卻不是很理解，他不明白人類將文明的希望寄托於一個不斷實驗的過程究竟有多大的把握，在遺址一號坑的時候，作為係統中樞的許默就曾和白琦提及過，每一個遺址坑出現迭代成功的基因胚胎幾率近乎為零，人類難道就沒有計算過這一事實嗎？還是說人類早已放棄了這片區域？這些疑惑都讓白琦忍不住想到了另外一種可能性，那就是這個所謂的“火種計劃”幕後另有其人。
從那座沉入海溝深處的伊莎貝爾號浮島上就可以看得出來，上麵雖然有不少人類的建築布局，但是其中很大一部分是為了培育後期的胚胎所用，白琦聯想到了之前的記憶畫麵，伊莎貝爾號浮島駛出陸地的時候，無數個體態怪異的人群湧向伊莎貝爾號的場景，雖然伊莎貝爾號上麵傳來了人的聲音，但裏麵的人卻始終沒有露麵，這引起了白琦的猜測，他懷疑伊莎貝爾號上根本沒有幸存的人類，而僅僅是一些替代品。
無論是當初乘坐飛船離開的那批人，抑或是之後的伊莎貝爾號浮島，都嚴重地說明了一個問題，那就是人類究竟是否還有幸存者，當然白琦他們已經稱不上是所謂的幸存者，他們隻是一些“火種計劃”創造出來的實驗產物，這一點白琦不得不承認，這也是白琦想要離開這個所謂遺址文明的初衷。
除了人類的幸存者是否存在的問題，糾結白琦很久的還有一個關鍵性的問題，那就是原始記憶庫的存在，它是如何形成如此龐雜的記憶係統，究竟是誰將這些人類文明中出現過的人類記憶儲存在裏麵，他們的目的又是什麽？
相較於前一個問題，後一個問題在作為係統中樞的許默曾經提及過，她和外界失去了聯係，所謂的外界是否就是這個“火種計劃”的真實締造者，再想到這些信息的時候，白琦真的想看看外麵最真實的世界，他拚命想要尋找的存在感就是來源於此。