於是，新阮為了集中力量對抗舊阮，便大開門路，招募華南中國人西進參戰，正好這時華南諸省各有不少漁民生計困苦，不堪安於本業，於是不少中國漁民也鋌而走險，到西山阮氏旗下做了雇傭軍，同時在南海之上也一直做著劫掠船隻的勾當。這樣他們一方麵在安南內戰中發了戰爭財，得以用安南官爵招攬部眾，一方麵本來身份隻是海盜，在舊阮那裏走私法式槍炮，也沒有多少限製。憑借這番左右逢源，一批海寇迅速崛起，即便清政府招安了其中一些幫會，也一樣於事無補。
此時的歐洲，同樣在經曆由古代世界到近代世界的關鍵轉折，之前的嘉慶三年，法國軍官拿破侖南征埃及，建立了巨大聲望。也正是阮元與那彥成這番對話後一個月，拿破侖北上發動霧月政變，奪取了法國軍政大權。同時，歐洲其他君主製國家組成的第二次反法同盟，也在這一年達到**。東南亞的法國軍官大多是傳統保皇派，自然希望通過扶持舊阮，在安南和法屬印度重振聲威，與反法同盟一道反擊法蘭西共和國，迎回王室。所以在訓練舊阮軍隊、提供武器幫助方麵，他們也花費了不少心力。然而對於南海海盜他們似乎並不在意，走私火炮之舉，他們也索性聽之任之。
由於得知南海多有海盜猖獗，部分唯利是圖的歐洲商人也借用租住澳門這一踏板，在此時走私火炮給海盜。有了法國和葡萄牙的炮械相助，海盜們也有了與清朝海防對抗的勇氣。一時間沿海閩浙粵府縣，頻繁遭到海盜襲擊，三省水師雖疲於奔命，卻收效甚微。不少海盜甚至組織起了龐大的海上幫會，一時閩粵兩地的海盜竟多達數萬人，即便沿海各鎮水師加在一起，也不如海盜數量龐大。
對於海盜聲勢浩大，甚至無論人數船隻，都已經在與朝廷的對抗中占到上風之事，阮元也有耳聞。這時想起自己督學之際，沿海百姓四散奔逃，躲避海盜之苦，也不禁連聲歎氣，一時竟也尋思不出什麽好辦法。畢竟自己為官十年，不是做翰林，就是做學官，或者主持禮部喪儀之事，這些事務與防範海盜之事似乎相距甚遠，或者說並無任何交集。