嘉慶八年六月之末，慶桂結束了浙江的調查之事，便即北上，阮元也因朝覲嘉慶之故，與孫星衍一路隨慶桂北行。離開杭州之前，張承勳也再次找到阮元，向阮元告知杭州八旗入學之人日漸增多，但旗人鄉試隻能在北京應考，多有不便，希望阮元上報嘉慶，建議嘉慶恩準旗員一律在本地參加鄉試，阮元也答應了他的請求。
然而這次阮元等人的北上之路卻是異常坎坷，坐船方才抵達淮安，距離黃河尚有約百裏，突然之間，天上竟是大雨傾盆而下，一連兩日都不能停歇。而淮安的河道之上，這時竟密密麻麻的堵上了數百條漕船，阮元等人坐船在後，全然不能動彈。而且看前麵漕船模樣，這些時日下來，竟動也沒動得一下。
“你等都是這裏主辦漕運之人，那你們可知，這裏究竟發生了什麽？為什麽我們的船都這許多日過來了，竟全然不能前行？我們入京朝覲誤了時日，是你們擔待得起的嗎？”眼看漕船堵塞水道，北上或許要因此延誤多日，慶桂也不免焦躁起來，忙喚了這裏兩名巡檢過來，想著向他們問清其中緣故。
“這……請大人恕罪！”那兩名巡檢隻是九品小官，這時見了慶桂這般京中大員，自是驚恐萬狀，隻好支支吾吾的回答道：“大人有所不知，今年夏初，黃河淤沙忽然大漲，河口頓時淤塞，已……已有一個多月了。又趕上這幾日，暴雨下個不停，黃河積水，現在……現在已有不少倒灌進了運河，水道實在危險得很，所以……所以這許多漕船才停在這裏，不敢北上……小人們誤了大人行程，實在罪該萬死！”
“行了，本官也定不了你們的罪！”慶桂怒道：“那你這裏河道、漕運總督，都幹什麽去了，河口淤沙他們沒有去挖嗎？這裏的堤壩，他們就不能及時加固一下嗎？！”