嘉慶行圍之後，也南下回到了承德避暑山莊。阮元又在承德住了數日，其間嘉慶幾乎每隔一日，便要阮元入對一次，阮元也將浙江政事盡數向嘉慶稟明。這一日想著浙江之事已然上報完畢，便向嘉慶提出南歸，誰知嘉慶卻道：
“阮元，這幾日聽你講浙江政事，你辦得都不錯。若是朕身邊也多幾個你這樣盡心職守，又有素有除弊之策的能臣，該有多好啊？也罷，你回去了才好辦事。不過朕這裏另有一事，想聽聽你的意見，你北上之時，可見黃河河口淤塞，清口洪水不止，漕船窒礙難行？”
“皇上聖明，清江浦的情況，確如皇上所言，黃河水平地溢出數丈，漕船一時不能通行，聽聞當時河督已然前往挑挖河口，卻不知現下如何。”阮元道。所謂“清口”指的是清代黃河、淮河交匯之處，明清兩朝在該處設立清江浦鎮，後改為清河縣縣治，亦是清中葉最為繁盛的城鎮之一。
“是嗎，朕前日接到奏報，河口疏浚尚需半月功夫，看來這漕船抵京，最快也要九月了。”嘉慶也有些無可奈何，歎道：“朕問過你這一科的其他進士，當時會試便有一題涉及治河，卻不知這河漕之事，你可有自己的看法？”
“回皇上，臣在河道之時不多，也從未參與漕運之事，如此應答皇上，隻恐籌劃不周，反而誤了大事。”阮元道。
“你若能回杭州之後，對此事多加分析也好，切不可空言不知，竟對此不管不顧。”看起來，嘉慶似乎是對其他大臣有些不滿，竟對阮元也一並嚴厲了起來。可隨後嘉慶又問道：“不過，朕這幾年力求直言，雖說上言之人尚不及朕意，卻也有不少。朝廷裏的給事中蕭芝，平日進諫最多，他前日上了一道奏疏，大體內容是既然漕運一時不通，可否讓浙江再行采買些糧食，之後走海路運送到京城，這樣可補漕運之不足，若是漕運再有如此窒礙，京城也不致缺糧。你正是浙江巡撫，朕也想聽聽你的意見。”