與那彥成有區別的是，阮元對於海盜投降之事，並非一律拒絕或同意，但阮元清楚，即便海盜投降，也需要官府處於絕對有利的位置，不能讓投降成為海盜投機獲取官職的捷徑。通過幾年的交手，阮元也清楚黃葵所部漸趨式微，在蔡牽麾下也不受用，可以作為招降對象，便繼續下令張成隨時進攻黃葵，隻等黃葵承受不住，海上局勢便可以發生變化。
然而，進入七月，阮元卻已然無力再來關注海上之事，浙江到了七月中旬，突然間再次大雨傾盆，杭州城不過數日便成為一片澤國，許多地勢偏低之處，房宅甚至被淹沒了將近一層。阮元無奈之下，也隻得放出撫院中所有備用船隻，並告知家人暴雨時不要輕易下到二樓，自己也帶著小船，親赴杭州水災嚴重之處指揮避雨救災。好在杭州繁華百餘年，又多有暴雨之事，很多人家都修了兩層到三層的高樓，百姓避雨卻也都有自己的辦法。
這時雨災最重之處，乃是駐防城外的延齡門、杜子橋一帶，即是阮元大婚所經之地。阮元便也親赴現場，一一指導附近官兵救災搬物。正好看到張承勳也乘了船，出來觀察水勢，阮元便讓人將船靠了過去，向張承勳問道：“張侯，你可知此處為何積水如此之多，我看東城也有低窪之地，卻也不似這裏嚴重啊？”
“阮中丞，我也是最近問了下麵兵士，方才清楚其中情況啊。”張承勳道：“這裏這條圍著駐防城的水道，名叫流福溝，已經數十年未加翻修了，聽聞平日就多有淤塞之處，這下就更不好辦了。這裏出去就是西湖，西湖河口那裏也多有淤積之事，這樣一來，積水排不進西湖，就都堵在城裏，把這一片都給淹了進來。”
“西湖浩大，蓄水自當充足，怎麽僅僅因為河口淤積，便即排不出積水了呢？”阮元問道。