然而，阮家之中這般安閑的時日，卻也終有結束的一天。就在這年十二月，嘉慶同意了翁方綱的致仕一事，而翁方綱之前的預言竟也意外成真，阮元果然補了他內閣學士之缺，回到了二品要員之列。
這一日，阮元也帶著其餘的《四庫未收書》前來養心殿中，主動將書獻與嘉慶。阮元在浙搜尋四庫未收之書十年，前後共計得書一百七十四部，自己也一一仿紀昀《四庫全書總目提要》之例，將其提要撰寫完畢。嘉慶見阮元獻書勤勉，自也大喜，當即決定將這次阮元進獻之書從前舊例，一並歸入《宛委別藏》之內。
“阮元啊，這次你能為朝廷充實圖書，自也是大功一件了，這些書，朕就收在這養心殿裏，嚴加看管。從此以後，這一百七十餘部罕見古籍，也總是能夠留存百世了。”嘉慶看著阮元的獻書成果，也滿意的對他說道。
“皇上，這些古籍確是抄本不多，若是果然失傳，則臣身為讀書之人，亦自痛心，如今能得皇上諭旨長存秘閣，臣自感念皇上恩德，如此尋書之事，乃臣應盡之誼，臣不敢居功。”阮元也自謙辭道。（按：然而《宛委別藏》自阮元進獻之後，一直藏於宮禁，民間文人墨客依然鮮有得見者。直至後世清室遜位，宮城改為故宮博物院，《宛委別藏》方才為世間所知。後二十年國民政府南遷部分故宮文物於台灣，《宛委別藏》亦在南遷文物之列，此後影印版本漸出，《宛委別藏》終於公之於世。然台北所存者僅古籍161部，比阮元進獻之書少13部，或為亡佚，或為阮元彼時未能完全進獻。）
“好了，阮元，你有功也好，無功也罷，這幾日朕回想起來，當年劉鳳誥一案，你當是一時失察，並非有心徇隱。劉鳳誥連號之事，當時就連陸言都不清楚，要你尋出他連號之弊，未免難為你了。這樣說來，朕當時革除你官職，本就處罰重了，如今重新拔擢你為內閣學士，亦是公允之舉，你可清楚了？”嘉慶也對阮元解釋道，這番言語，自然也是在提醒阮元，不得將進獻書籍視為升遷捷徑。