自這件事之後，靳輔和於成龍關係大為緩和。當秋熟時，吏部考績，因於成龍政績卓異，部文轉了聖諭，著於成龍擢升南京布政使，兼署清江道，因他頗諳水利，又令他參與河務，有專奏之權。於成龍一心要把清江治得道不拾遺、夜不閉戶，得了此旨，索性暫不赴南京，留在清江督率百姓生業。治河第一步大修工程，這年已漸見完成。從清江浦經雲梯關至海口的疏浚、高家堰至清口的挑浚、運河以西至高家堰的堤工和清水潭放水擁沙的工程都進行得十分順利。於成龍威重望高，隻吩咐一聲，千萬河工募之即來。因大汛未到，河防無事，一時之間幾個人倒也沒有什麽了不起的爭執。但這局麵隻維持了半年多，他們之間的裂痕便突然爆發，演成一場可怕的爭執，將春天賑災時的情分衝得一幹二淨。
康熙二十一年九月，秋汛洪峰提前來了。沿陝西、河南、安徽到江蘇一路黃河流域烏雲蔽天，秋雨連綿，像天河被誰捅漏了，不斷頭兒隻是往下潑灑，而且專向黃河傾注！羊報漂下，報信人十有九死，隻從竹簽上得知，上遊皋蘭鐵柱水位日升三寸，已達四尺有餘：這就是說，江蘇境內河麵水位要升四丈開外！所有新修的堰壩、堤、閘、分水渠都麵臨著極大的威脅。
七日前，靳輔接到頭一起水汛，便帶了陳潢、封誌仁、彭學仁等一幹幕僚，將總督府所有圖冊、沙盤和一應測量儀器全部搬移到黃、運、清三河交叉的大堤頂端，搭起氈棚，在淙淙雨中日夜守護。
這裏三麵環水，一邊是去秋涸出的土地，一望無際的秋稻在雨霧中不安地搖動著，卷著一個一個的黃旋兒。堤外半槽渾濁的黃水腥浪衝天、白沫翻滾，將上遊卷下來幾抱粗的大樹拋起來、沉下去，矗起來再扳倒，像小孩子玩過家家一樣輕巧。