卻說那日征得張居正與高儀的簽名之後，高拱把那份《陳五事疏》以內閣公本形式送呈新登基的萬曆皇帝。第二天，傳旨太監送了一個禦批出來，隻短短六個字：“知道了，承祖製。”奏稿卻留中不發了。舊製：內閣送進宮中的奏折，皇上看過之後，都應發回內閣票擬，然後再由皇上“批朱”頒行。但是，作為三位顧命大臣聯合簽名的第一份內閣公本，卻被留中不發，這不能不說是一個極為嚴重的政治事件。立刻，政府各部院大臣以及各路言官都知道了這件事，且都表示出強烈的不滿。當然，最不滿的還是高拱本人。須知《陳五事疏》是他精心策劃的驅逐馮保的第一步棋，如果一開頭就是個啞炮，往後的事就更難動作了。因此，一接到中旨後，高拱便秉筆疾書，再上一疏：
臣高拱、高儀謹題：
臣等先於本月初十日恭上緊切事宜五件，仰裨新政。今日伏奉禦批“知道了，承祖製”。臣等竊唯五事所陳，皆是祖宗已行故事，而內中尚有節目條件。如命司禮監開揭夾鑒，盡發章奏，如五日一請見，如未蒙發擬者，容令奏請與夫通政司將封建本辭送該科記數備查等項，皆是因時處宜之事。必須明示準允，乃可行各衙門遵行。況皇上登極之日，正中外人心觀望之際，臣等第一條奏即未發票，即未蒙明白允行，恐失人心之望。用是臣等不敢將本送科，仍用封上再進。伏望皇上鑒察，發下臣等票擬，臣等如有差錯，自有公論。祖宗法度，其孰能容。臣等無任，仰望之至。
這第二道奏疏又作為急件送進宮中，隔一天，宮中終於發還補本到內閣票擬。高拱這一下大受鼓舞，在心中醞釀多時的草擬皇上的批語也就一揮而就了：
覽卿等所奏，甚於時政有裨，具見忠藎。都依議行。
幾乎就在當天，皇上的“批朱”就到了內閣，對擬票無一字修改。收到這道聖旨，高拱那顆一直懸著的心終於放了下來。他立即就此事谘文通報在京各大衙門並報全國各州府。與此同時，他又指示刑部禮部把各自早就寫好的公本送進宮中。隔了一天，也就是今天早上，高拱坐轎子上班，剛到值房，送本太監又把這兩個奏本送來內閣擬票。高拱不讓送本太監離開，當著他的麵，提筆擬了兩道票。